Przedstawiony projekt zarządzenia zakłada wyszczególnienie dodatkowych zadań realizowanych w ramach poszczególnych Izb Celnych. I tak w składzie:

- Izby Celnej w Białymstoku znajdzie się komórka realizująca zadania z zakresu publikowania w Biuletynie Informacji Publicznej aktualnej listy pośredniczących podmiotów węglowych,

- Izby Celnej Białymstoku znajdzie się komórka realizująca utrzymanie, administrowanie i rozwój ogólnopolskiego systemu Zwrot VAT dla podróżnych,

- Izby Celnej w Katowicach znajdzie się komórka realizująca prowadzenie ogólnopolskiej analizy ryzyka na poziomie strategicznym,

- Izby Celnej w Kielcach znajdzie się komórka realizująca zarządzanie centralnym systemem wideokonferencyjnym Służby Celnej.

Projekt zakłada też, że postępowanie w zakresie wszystkich pozwoleń, jak również czynności z nimi związane tj. monitoring, ponowna ocena, nadzór będą realizowane wyłącznie przez komórkę obsługi przedsiębiorców. Z kolei kwestie związane z odwołaniami od decyzji dotyczących nadawania przeznaczenia celnego będą realizowane przez komórkę przeznaczeń celnych. Zdaniem resortu finansów ma to swoje uzasadnienie zarówno merytoryczne, jak i praktyczne, bowiem część pozwoleń celnych jest wydawana łącznie lub zawiera się w innym pozwoleniu np. w pozwoleniu na stosowanie procedury uproszczonej. Natomiast z praktycznego punktu widzenia wiedza dotycząca przedsiębiorcy będzie skumulowana w jednym miejscu, co pozwoli na szybsze prowadzenie postępowań w sprawie wydawania kolejnych pozwoleń danemu przedsiębiorcy i wzmocni efektywność jego monitorowania. Proponowane rozwiązanie wpłynie również na zmniejszenie biurokracji i zapobiegnie dublowaniu czynności. Z drugiej strony zapewni przedsiębiorcy jeden punkt kontaktu ze Służbą Celną w zakresie pozwoleń, co niewątpliwie poprawi komfort prowadzenia działalności gospodarczej w kontekście współpracy z organami celnymi. Połączenie komórek przeznaczeń celnych i elementów kalkulacyjnych na poziomie urzędu wynika z komplementarnego charakteru zadań tych komórek. Determinowane jest potrzebą zapewnienia organizacyjnej sprawności realizacji zadań obydwu komórek oraz ekonomiką ich funkcjonowania.

Poza tym projekt przewiduje także wprowadzenie regulacji, z której wynika:

- zakaz wyodrębniania, w ramach komórek organizacyjnych wyższego rzędu, komórek niższego rzędu z pominięciem wymogu dotyczącego minimalnej obsady kadrowej,

- możliwość podziału komórek organizacyjnych wchodzących w skład urzędu celnego, za zgodą Szefa Służby Celnej, przy uwzględnieniu zakresu ich zadań oraz spełnieniu wymagań dotyczących minimalnej obsady kadrowej,

- dostosowanie do nowych rozwiązań kontroli wewnętrznej polegających na tym, że czynności kontrolne dyrektora izby celnej wobec naczelnika urzędu celnego realizowane są w oparciu o przepisy ustawy z 15 lipca 2011 r. o kontroli w administracji rządowej (Dz. U. Nr 185, poz. 1092), natomiast kontrole dyrektora izby celnej w odniesieniu do komórek mu podległych i analogicznie naczelnika urzędu celnego wobec komórek przez niego nadzorowanych odbywają się na podstawie aktów prawa wewnętrznego (czyli bez konieczności stosowania ustawy),

- dostosowanie do zmian w ustawie z 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym, zgodnie, z którymi zastąpiono instytucję zarejestrowanego handlowca i niezarejestrowanego handlowca instytucją zarejestrowanego odbiorcy oraz wprowadzono instytucję zarejestrowanego wysyłającego.

Przedkładany projekt zmienia zarządzenie Nr 30 Ministra Finansów z dnia 29 października 2009 r. w sprawie nadania statutów izbom i urzędom celnym (Dz. Urz. Min. Fin. Nr 13, poz. 72). Zasadnicza zmiana zarządzenia miałaby wejść w życie od 1 października 2012 r.