NIK pozytywnie oceniła również działania Szefa Służby Celnej w zakresie ustalenia zadań kontrolnych Służby Celnej ograniczających nieprawidłowości w obrocie wyrobami alkoholowymi.
Najwyższa Izba Kontroli przeprowadziła w Ministerstwie Finansów kontrolę opodatkowania wyrobów alkoholowych akcyzą w okresie od 1 stycznia 2010 r. do 30 czerwca 2011 r., której wyniki przedstawiła w wystąpieniu pokontrolnym z dnia 14 lutego 2012 r.
Najwyższa Izba Kontroli pozytywnie oceniła wykonywanie zadań przez Ministra Finansów w zakresie opodatkowania akcyzą wyrobów alkoholowych w okresie objętym kontrolą. Zdaniem NIK Minister Finansów, w kontrolowanym okresie, prawidłowo zorganizował pracę Służby Celnej oraz konsekwentnie wymagał od podległych organów, by przeprowadzały kontrole prawidłowości naliczania i pobierania należnego podatku akcyzowego od wyrobów alkoholowych przez legalnie działające podmioty gospodarcze. W ocenie NIK Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów, Szef Służby Celnej prawidłowo ustalał zadania kontrolne Służby Celnej mające na celu ograniczenie nieprawidłowości w obrocie wyrobami alkoholowymi.
Ponadto NIK stwierdziła, że Służba Celna przeprowadzała systematyczne kontrole w obszarze obrotu skażonym alkoholem etylowym i wyrobami na bazie tego alkoholu, a rozmiary wykrywanych przez Służbę Celną nieprawidłowości wykazały tendencję malejącą.
NIK pozytywnie oceniła także działania resortu finansów w zakresie spójności prawa polskiego z wspólnotowym w obszarze opodatkowania akcyzą wyrobów alkoholowych.Izba uznała za rzetelne działania Ministra Finansów w zakresie monitorowania zgodności polskiego prawa z przepisami unijnymi poprzez analizę orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości oraz obowiązujących przepisów podatkowych w świetle orzeczeń sądów administracyjnych.
NIK zauważyła, że analizę orzecznictwa prezentowano i omawiano na naradach kadry kierowniczej Służby Celnej, a Komisja Europejska nie prowadziła postępowań wobec Polski z powodu niezgodności ustawodawstwa unijnego z polskimi regulacjami o akcyzie od wyrobów alkoholowych.