Możemy wyróżnić tutaj dwa zasadnicze przypadki. Po pierwsze, może to być sytuacja, kiedy interpretacja nie uwzględnia wydanego uprzednio orzeczenia. Po drugie, może to być sytuacja odwrotna, gdzie po wydaniu indywidualnej interpretacji zostaje ogłoszone orzeczenie, które jest z nią sprzeczne. Obie te sytuacje powodują konieczność zmiany indywidualnej interpretacji z urzędu. (J. Kabat-Rembelska, A. Kabat, Interpretacja przepisów prawa podatkowego – korzyści po zmianach?, Cz. II [w:] „Prawo i Podatki” nr 3/2007).W obu wskazanych powyżej sytuacjach interpretacje powinny zostać uznane za błędne, zmienione i następnie dostosowane do wykładni dokonanej przez właściwy organ sądowniczy. Tak samo uznał Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 20.1.2009 r., sygn. III SA/Wa 1916/08, LEX, w którym sąd orzekł, że w zakresie interpretacji podatkowych orzecznictwo sądowe zyskuje szczególnie na znaczeniu. Jest bowiem przesłanką do formułowania oceny poprawności funkcjonujących w obrocie prawnym interpretacji. Tylko takie działanie będzie umożliwiało redukcję niepewności spowodowanej rozbieżnością między wyrokami sądowymi a interpretacjami wydanymi przez organy. Pamiętać przy tym należy, że sąd w żaden sposób nie jest związany rozstrzygnięciem dokonanym przez organ w indywidualnej interpretacji (H. Dzwonkowski (red.) Ordynacja podatkowa, Rok 2008. Komentarz, Warszawa 2008).