Jeżeli w danym okresie rozliczeniowym występuje nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, podatnik może zażądać jej zwrotu na rachunek bankowy.
Podstawowy termin zwrotu wynosi 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez przedsiębiorcę, który rozlicza ten podatek. Termin ten może być przedłużony przez naczelnika urzędu skarbowego w przypadku uznania, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania.
Przed każdym zwrotem dokonywana jest analiza jego zasadności, weryfikowana jest wysokość zwrotu oraz dokonywane jest sprawdzenie, czy podatnik nie ma zaległości podatkowych lub czy nie występują tzw. zajęcia komornicze.
Naczelnik urzędu skarbowego nie ma prawa do nieuzasadnionego wstrzymania zwrotu VAT. W przypadku nieuzasadnionego przedłużenia terminu zwrotu VAT naczelnik urzędu skarbowego musi wypłacić podatnikowi odsetki.