W przedmiotowej sprawie fiskus postanowił przedłużyć termin zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika.
Chodziło o podatnika, który w deklaracji VAT-7 wykazał kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni, w wysokości nieco ponad 28 tys. zł. Zdaniem fiskusa jednak rzetelność wykazanych na fakturach transakcji wymaga dodatkowej weryfikacji. Organ podatkowy postanowił o przedłużeniu terminu do dokonania zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, w ramach czynności sprawdzających. Tydzień później organ podatkowy wszczął postępowanie podatkowe w sprawie prawidłowości rozliczenia podatku VAT, co jego zdaniem uzasadniało przedłużenie terminu zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia w ramach prowadzonego postępowania.
Podatnik nie zgodził się z fiskusem na takie procedowanie. Uważał, że postanowienie wydane w trakcie czynności sprawdzających jest skuteczne tylko do czasu ich zakończenia. Fiskus wszczynając postępowanie podatkowe powinien był wydać nowe postanowienie o przedłużeniu terminu na zwrot VAT-u, czego nie zrobił.
Sprawa trafiła do WSA w Gdańsku. Zdaniem sądu podatnik miał rację. Sąd wskazał, że z treści art. 87 ust. 2 ustawy o VAT wynikają również ramy postępowania organu podatkowego, w jakich badanie zasadności zwrotu podatku ma się odbywać. Ustawodawca wskazuje na czynności sprawdzające, kontrolę podatkową i postępowanie podatkowe lub postępowanie kontrolne w związku z tym działania podejmowane przez organy podatkowe wobec podatnika mogą przyjąć tylko i wyłącznie opisane wyżej formy. Powyższe wskazuje, że przedłużenie terminu zwrotu podatku następuje nie tyle do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, ile do czasu zakończenia tej weryfikacji dokonywanej w ramach postępowań wymienionych w powołanym przepisie, t.j. czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego lub postępowania kontrolnego. Jeśli weryfikacja rozliczenia następowałaby poza wymienionymi postępowaniami, nie mogłaby być podstawą przedłużenia terminu zwrotu podatku na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.
Przedłużenie terminu zwrotu podatku musi więc wiązać się z konkretną procedurą postępowania weryfikacyjnego.
Należy więc uznać, że zmiana postępowania, w ramach którego następuje weryfikacja rozliczenia podatnika, wymaga wydania nowego postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT.
Wyrok WSA w Gdańsku z 8 czerwca 2016 r., sygn. akt I SA/Gd 420/16