Sprawa dotyczyła podatnika, któremu fiskus określił zobowiązanie podatkowe z tytułu odpłatnego zbycia nieruchomości. Organ wskazał, że podatnik nabył własność udziału nieruchomości, który następnie zbył odpłatnie przed upływem 5 lat od daty nabycia. Oświadczył jednocześnie, iż przychód uzyskany ze sprzedaży w całości lub części wydatkuje, nie później niż w okresie 2 lat od dnia sprzedaży, na cele uprawniające do skorzystania ze zwolnienia podatkowego. Przeciwko podatnikowi wszczęto jednak postępowanie karne skarbowe w sprawie nieujawnienia w terminie przychodu z tytułu sprzedaży w/w udziałów w nieruchomości, zarzucając popełnienie przestępstwa skarbowego. W konsekwencji doręczono mu także postanowienie o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia. Ostatecznie jednak umorzono wobec niego postępowanie karne skarbowe. Postanowienie stało się prawomocne.
Według podatnika oznacza to, że w sprawie nie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a decyzja organu drugiej instancji została wydana już po upływie jego biegu. Organ z kolei twierdzi, że termin przedawnienia był zawieszony na skutek wszczęcia postępowania karnoskarbowego. Zdaniem fiskusa mimo umorzenia postanowienia nie nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu rację w tym sporze należy przyznać podatnikowi. W ocenie NSA fiskus błędnie przyjął, że w sprawie nie miało znaczenia umorzenie dochodzenia, prowadzonego przeciwko podatnikowi dotyczące popełnienia przestępstwa skarbowego. Okoliczność ta ma zasadniczy wpływ na ocenę legalności zaskarżonej decyzji.
Zdaniem sądu bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie uległ w sprawie zawieszeniu z uwagi na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe, bowiem - w zakresie, w jakim błędnie zakwalifikowano postępowanie podatnika, jako przestępstwo skarbowe - nie istniał realny związek pomiędzy wszczęciem dochodzenia a niewykonaniem tego zobowiązania. Związek ten miał charakter jedynie pozorny i formalny; wynikał wyłącznie z wadliwego ustalenia wysokości zarzucanego uszczuplenia dochodów Skarbu Państwa, co rzutowało na kwalifikację prawną czynu oraz na kwestię przedawnienia karalności. Ordynacja podatkowa uzależnia zawieszenie biegu terminu przedawnienia od poinformowania podatnika o określonym zdarzeniu procesowym w sferze postępowania karnego (karnoskarbowego), związany z niewykonaniem zobowiązania. Na skutek postanowienia o umorzeniu dochodzenia czynności podjęte w jego toku traktowane są, jako niebyłe, innymi słowy rozstrzygnięcie takie – w rozpatrywanym przypadku – uchyliło wszelkie skutki procesowe podjęte przez organy w ramach tego postępowania. W takiej sytuacji nie sposób przyjąć, że pozbawiona mocy procesowej czynność wszczęcia dochodzenia może mieć wpływ na bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Według NSA wydanie decyzji organu drugiej instancji nastąpiło już po upływie biegu terminu przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego, stąd decyzja dyrektora izby skarbowej wydana została z naruszeniem prawa materialnego, mającym istotny wpływ na wynik sprawy. W sprawie zaistniała również podstawa do umorzenia postępowania podatkowego z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego.
Wyrok NSA z 24 listopada 2016 r., II FSK 1488/15
