Jak czytamy w liście skierowanym do wicepremiera, dokonanie weryfikacji interpretacji indywidualnych związanych z poprawnością rozliczania podatku VAT w przypadku otrzymania dotacji, zwłaszcza w zakresie określania podstawy opodatkowania tym podatkiem, jest istotne dla beneficjentów Działania 2.2 PO WER.
Z treści ustawy o VAT jednoznacznie wynika, że dotację zalicza się do podstawy opodatkowania jedynie wtedy, gdy będzie ona miała bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika. Jednak w toku postępowań mających na celu wydawanie interpretacji indywidualnych, organy podatkowe pomijają fakt, że otrzymywane za pośrednictwem PARP dotacje mają charakter zakupowy i stanowią pokrycie ściśle określonych kosztów kwalifikowanych powiązanych z realizacją projektów. To natomiast wyklucza ich zaliczanie do podstawy opodatkowania VAT.
