Sprawa opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych odszkodowań przyznanych na mocy wyroku sądowego stała się też przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 4859). W odpowiedzi na nią Ministerstwo Finansów wskazało, że podstawową zasadą podatku dochodowego od osób fizycznych jest powszechność opodatkowania. W myśl art. 9 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176, z późn. zm., dalej jako: u.p.d.o.f.) opodatkowaniu tym podatkiem podlegają wszelkiego rodzaju dochody, z wyjątkiem wymienionych w art. 21, 52, 52a i 52c ustawy oraz dochodów, od których na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej zaniechano poboru podatku. W konsekwencji, jeżeli dany dochód nie mieści się w zakresie żadnego ze zwolnień wymienionych w ustawie, bądź nie został od niego zaniechany pobór podatku w drodze rozporządzenia ministra finansów, to tym samym podlega opodatkowaniu na zasadach określonych w przepisach ustawy.

Zgodnie z art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. za przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych. W przypadku świadczeń ze stosunku pracy (a takim jest również zaległe wynagrodzenie) przychód powstaje w momencie jego otrzymania lub postawienia do dyspozycji podatnika w roku kalendarzowym (art. 11 ust. 1 u.p.d.o.f.).

W konsekwencji, w przypadku wynagrodzenia ze stosunku pracy wypłaconego np. w 2008 r., obowiązek podatkowy powstaje w 2008 r., również w sytuacji, gdy wypłacone kwoty dotyczą lat ubiegłych. Jeżeli wypłaty tego wynagrodzenia dokonuje zakład pracy w rozumieniu art. 31 u.p.do.f., obowiązek poboru zaliczki na podatek dochodowy spoczywa na tym zakładzie, stosownie do postanowień art. 32 ustawy. W sytuacji gdy za zakład pracy wypłaty świadczeń określonych w art. 12 ustawy dokonuje komornik sądowy lub podmiot niebędący następcą prawnym zakładu pracy, przejmujący jego zobowiązania wynikające ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy, obowiązek poboru zaliczki na podatek spoczywa na wyżej wymienionych. Powyższe wynika z treści art. 42e u.p.d.o.f.., który to przepis wszedł w życie z dniem 1 stycznia 2005 r. Jednocześnie Ministerstwo Finansów podkreśliło, że w obu przypadkach wypłacający, tj. zakład pracy, odpowiednio komornik sądowy lub podmiot niebędący następcą prawnym zakładu pracy, jest zobligowany do sporządzenia informacji PIT-11 o wysokości dochodów uzyskanych przez podatnika. Jeden egzemplarz tej informacji - w terminie do końca lutego roku następującego po roku podatkowym – wskazane wyżej podmioty są zobligowane przekazać podatnikowi, drugi zaś - urzędowi skarbowemu ustalonemu według miejsca zamieszkania podatnika. Do obowiązków podatnika należy natomiast wykazanie omawianych kwot w zeznaniu podatkowym (PIT-37 albo PIT-36) wraz z innymi dochodami uzyskanymi w danym roku podatkowym i podlegającymi opodatkowaniu na ogólnych zasadach przy zastosowaniu skali podatkowej, celem obliczenia kwoty należnego podatku od łącznych dochodów. Powyższa zasada funkcjonuje od wejścia w życie przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. W tym czasie zmianie ulegała jedynie konstrukcja skali podatkowej (wysokość stawek podatkowych, progów podatkowych oraz kwoty zmniejszającej podatek). W 2008 r. obowiązuje trzystopniowa skala podatkowa ze stawkami 19%, 30% i 40% oraz dwoma progami podatkowymi w wysokości 44 490 zł oraz 85 528 zł, co oznacza, że do dochodów przekraczających kwotę 44 490 zł (nie wyższych jednak niż 85 528 zł) zastosowanie ma stawka 30%, natomiast od dochodu powyżej 85 528 zł podatek oblicza się według stawki 40%.

Jeżeli ze złożonego zeznania podatkowego wynika kwota do zapłaty, czyli dodatnia różnica pomiędzy podatkiem należnym wynikającym z zeznania a sumą należnych za dany rok zaliczek (w tym zaliczek pobranych przez płatników), różnicę tę podatnik jest obowiązany zapłacić przed upływem terminu do złożenia zeznania za dany rok podatkowy (co do zasady termin ten upływa 30 kwietnia roku następującego po roku podatkowym). Zgodnie z art. 51 § 1 Ordynacji podatkowej podatek niezapłacony w terminie płatności staje się zaległością podatkową.

Jednocześnie resort finansów wskazał, w przypadku gdy zła sytuacja materialna podatnika powoduje, iż nie jest on w stanie wypełnić swoich zobowiązań podatkowych, może zwrócić się do organu podatkowego z wnioskiem o ulgę w spłacie zobowiązania podatkowego, stosownie do postanowień art. 67a Ordynacji podatkowej. Przepis ten przewiduje możliwość udzielenia ulgi w spłacie zobowiązań podatkowych poprzez:
1) odroczenie terminu płatności podatku lub rozłożenie zapłaty podatku na raty;
2) odroczenie lub rozłożenie na raty zapłaty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę;
3) umorzenie w całości lub w części zaległości podatkowej, odsetek za zwłokę lub opłaty prolongacyjnej.

Ministerstwo Finansów podkreśliło, że wdrożenie odmiennych rozwiązań polegających na tym, że do wynagrodzenia za pracę należnego np. za 2005 r., a wypłacanego w 2008 r. miałyby zastosowanie przepisy obowiązujące w 2005 r., nie gwarantuje bowiem zmniejszenia obciążeń fiskalnych dla ogółu podatników otrzymujących tego rodzaju świadczenia, z uwagi na niższe progi podatkowe obowiązujące w minionych latach.

Ponadto Ministerstwo Finansów stwierdziło, że od 2009 r. wejdzie w życie dwustopniowa skala podatkowa ze stawkami 18% i 32% oraz jednym progiem dochodowym w wysokości 85 528 zł. W tej sytuacji opodatkowanie np. w 2009 r. dochodów ze stosunku pracy należnych za ubiegłe lata, według zasad obowiązujących w tych latach (tj. przy zastosowaniu skali podatkowej ze stawkami 19%, 30% i 40%), nie byłoby korzystne dla podatników. Rodziłoby ponadto konieczność korygowania uprzednio złożonych zeznań podatkowych przez podatników oraz deklaracji sporządzonych przez płatników. Ministerstwo Finansów stwierdziło, że nie służyłoby to realizacji celu rządu, jakim jest m.in. uczynienie podatków, w szczególności podatku dochodowego od osób fizycznych, bardziej przyjaznymi dla podatników i płatników, w tym poprzez ich uproszczenie.