Opodatkowanie PIT wynagrodzeń ze środków UE a zgodność polskich przepisów z prawem unijnym

Nie milkną kontrowersje na temat opodatkowania podatkiem dochodowym od osb fizycznych wynagrodzeń za pracę finansowanych z funduszy Unii Europejskiej. Ministerstwo Finansw podkreśla, że wciąż aktualne pozostaje stanowisko, jakie zajęło w tej sprawie w 2006 r. Czy przepisy polskiej ustawy o podatku dochodowym od osb fizycznych są w tej materii zgodne z prawodawstwem Unii Europejskiej?

Zgodnie z treścią art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz.U. z 2000 r., nr 14, poz. 176 z późn.. zm., dalej jako: u.p.d.o.f.) od opodatkowania zwolnione są m.in. pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej dochody podatników, którzy bezpośrednio realizują cel programu finansowanego z pomocy unijnej. Powyższy przepis definiuje zarówno samo pochodzenie środków przeznaczanych na finansowanie wynagrodzenia, jak i określa podatnika, który jest uprawniony do zwolnienia. I tak omawiane zwolnienie od  podatku dochodowego od osób fizycznych, w myśl art. 21 ust. 1 pkt 46, może mieć miejsce jedynie wtedy, gdy zostaną spełnione łącznie dwie przesłanki. Po pierwsze, dochody podatnika muszą pochodzić od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy. Drugą przesłanką jest bezpośrednia realizacja przez podatnika celu programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Omawiane zwolnienie nie będzie mieć jednak zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca, bez względu na rodzaj umowy, wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

W większości przypadków wynagrodzenie powyższych podmiotów jest finansowane w znacznej części ze środków Unii Europejskiej, w mniejszej zaś ze środków publicznych (np. finansowane w 75% ze środków Unii Europejskiej, a w pozostałych 25% z budżetu państwa). Kwestią sporną przy interpretacji treści art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f.) jest samo pochodzenie środków bezzwrotnej pomocy, z której to finansowane są wynagrodzenia osób bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. W praktyce oznacza to, że środki finansowe mogą być bowiem wypłacane bezpośrednio przez same instytucje międzynarodowe, bądź też za pośrednictwem podmiotów krajowych, za pomocą tzw. prefinansowania. I właśnie ta druga forma wypłacania środków pomocowych przysparza najwięcej problemów praktyce. W związku z powyższym urzędy skarbowe stosują zawężającą, więc niekorzystną dla podatnika interpretację przepisu art. 21 ust. 1 pkt 47 u.p.o.f. Taki pogląd organów podatkowych jest często kwestionowany przez sądy administracyjne (orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych w Rzeszowie (sygn. akt SA/Rz 490/07) i Krakowie (sygn. akt SA/Kr 1555/06). W ocenie np. wskazanego wyżej Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie w ustawie o PIT brak jest definicji słowa; „pochodzą”. Dlatego słowo „pochodzą” należy rozumieć jako sytuacja, gdy pewne środki finansowe dany podmiot początkowo wydatkuje ze środków własnych lub uzyskanych od Skarbu Państwa, a później następuje refinansowanie tych środków z np. Unii Europejskiej. Zdaniem WSA w Rzeszowie, samą istotą art. 21 ust. 1 pkt 47 u.p.d.o.f. jest fakt, że środki pochodzą z funduszy bezzwrotnych Unii Europejskiej.

Sprawa powyższych wątpliwości w interpretacji przepisu art. 21 ust. 1 pkt 47 u.p.d.o.f. stała się również przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 4674), skierowanej do ministra finansów. Zapytano w niej, czy podatnikowi realizującemu bezpośrednio cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy przysługuje zwolnienie od podatku od osób fizycznych, a jeśli tak, to na jakich zasadach podatnicy mogą się ubiegać o zwrot nadpłaconego podatku. Ponadto minister finansów został zobligowany do odpowiedzi na pytanie, czy podatnikowi, w przypadku gdy jego wynagrodzenie jest tylko częściowo finansowane ze środków opisanych w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., zaś w drugiej części jest pokrywane z budżetu państwa, przysługuje całkowite czy tylko częściowe zwolnienie od podatku.

W odpowiedzi na interpelację Ministerstwo Finansów wskazało, że z powodu trudności w interpretacji art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. minister finansów w 2006 r. wydał urzędową interpretację tego przepisu, w której stwierdził, że do dochodów, dla których źródłem finansowania były fundusze strukturalne Unii Europejskiej, nie ma zastosowania powyższy przepis ustawy. Zwolnieniem tym nie obejmuje się środków pochodzących z krajowych źródeł, natomiast w przypadku projektów realizowanych z udziałem środków funduszy strukturalnych stanowią one refundację wcześniej poniesionych wydatków sfinansowanych publicznymi środkami krajowymi. Resort finansów podkreśliło, że powyższe stanowisko ministra finansów jest nadal aktualne. Do zastosowania zwolnienia przedmiotowego z art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., konieczne jest, aby środki przyznane beneficjentowi pochodziły od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy. Przepis ten nie może więc mieć zastosowania do przychodów osób fizycznych finansowanych (współfinansowanych) ze środków pochodzących z funduszy strukturalnych. Brak możliwości rzetelnego ustalenia, w jakiej części wynagrodzenie pracownika jest finansowane ze środków krajowych, a w jakiej z funduszy strukturalnych, wyklucza stosowanie zwolnienia od podatku. W konsekwencji dochód ze stosunku pracy podatnika wykonującego w ramach obowiązków służbowych czynności związane z realizacją projektów współfinansowanych z funduszy strukturalnych w całości podlega opodatkowaniu na zasadach określonych w art. 32 u.p.d.o.f.

Ministerstwo Finansów stwierdziło, że w powołanych już wyżej orzeczeniach WSA w Krakowie i WSA w Rzeszowie orzekły, że „środki z nich pochodzące służą realizacji polityki strukturalnej, której celem jest pomoc słabiej rozwiniętym regionom i sektorom gospodarek państw członkowskich. Środki te winny stanowić wsparcie konkretnych celów strukturalnych w państwie członkowskim, nie powinny zaś stanowić źródła wtórnego finansowania budżetu państwa. Art. 21 ust. 1 pkt 46 u.pd.o.f. jest właśnie realizacją ustawową powyższej zasady”. Zatem zdaniem wskazanych wyżej sądów dochody, których źródłem finansowania są fundusze strukturalne, co do zasady nie powinny podlegać opodatkowaniu.

W związku z tym Ministerstwo Finansów zauważyło, że w dniu 25 października 2007 r. Europejski Trybunał Sprawiedliwości (ETS) wydał w trybie prejudycjalnym wyrok (C-427/05) w sprawie Porto Antico di Genova SpA przeciwko Agenzia della Entrate Ufficio di Genova. Wniosek dotyczył rozstrzygnięcia kwestii, czy opodatkowanie dochodów sfinansowanych ze środków strukturalnych przez państwo członkowskie jest naruszeniem prawa wspólnotowego, a konkretnie art. 21 ust. 3 akapit drugi rozporządzenia Rady (EWG) nr 2082/93 (Dz.U. L 193 z 31.7.1993, str. 20), stanowiącego, że „płatności na rzecz końcowych beneficjentów nie podlegają potrąceniu lub wstrzymaniu, które mogłoby prowadzić do zmniejszenia kwoty przysługującego im dofinansowania”. ETS w powołanym wyroku stwierdził, że „art. 21 ust. 3 akapit drugi rozporządzenia Rady (EWG) nr 4253/88 z dnia 19 grudnia 1988 r. ustanawiającego przepisy wykonawcze do rozporządzenia Rady (EWG) nr 2052/88 w odniesieniu do koordynacji działań różnych funduszy strukturalnych między nimi oraz z operacjami Europejskiego Banku Inwestycyjnego i innymi istniejącymi instrumentami finansowymi, zmienionego rozporządzeniem Rady (EWG) nr 2082/93 z dnia 20 lipca 1993 r., należy interpretować w taki sposób, że krajowe przepisy podatkowe, takie jak art. 55 ust. 3 lit. b dekretu prezydenta republiki nr 917 z dnia 22 grudnia 1986 r., zgodnie z którym pomoc ze wspólnotowych funduszy strukturalnych jest uwzględniana przy ustaleniu podstawy opodatkowania, są zgodne z tym rozporządzeniem”.

Resort finansów podkreślił, że innymi słowy ETS, w przeciwieństwie do poglądu wyrażonego przez WSA w Krakowie oraz WSA w Rzeszowie, nie znalazł w przepisach wspólnotowych regulacji zabraniających państwom członkowskim opodatkowywania środków pochodzących z funduszy strukturalnych. Zatem urzędowa interpretacja przepisów ministra finansów z dnia 30 sierpnia 2006 r. znalazła potwierdzenie w powyższym orzeczeniu Trybunału Sprawiedliwości.

Ministerstwo Finansów podkreśliło też, że orzecznictwo sądów administracyjnych w zakresie stosowania przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych do dochodów sfinansowanych z funduszy strukturalnych nie jest jednolite. Resort powołał się na orzeczenia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który np. w wyroku z dnia 27 czerwca 2007 r. (sygn. akt III SA/Wa 632/07) podzielił argumentację ministra finansów z powołanej na wstępie urzędowej interpretacji przepisów. Również w wyrokach WSA w Warszawie z dnia 7 grudnia 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 1756/07 oraz z dnia 30 stycznia 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 1884/07) sąd ten w sposób jednoznaczny zajął stanowisko, że do dochodów sfinansowanych z funduszy strukturalnych nie stosuje się omawianego zwolnienia od podatku.

Resort finansów dodał, że bez wątpienia odmienna interpretacja przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w odniesieniu do dochodów sfinansowanych z funduszy strukturalnych, stosowana przez różne składy orzekające sądów administracyjnych, może prowadzić do zróżnicowania sytuacji prawnopodatkowej podatników. Jednak w demokratycznym państwie prawa władza wykonawcza nie ma możliwości ingerowania w wyroki sądów.