O ile wydaje się w pełni uzasadnione zaliczenie opłat na kierunkowe studia podyplomowe oraz kursy specjalistyczne, związane z profilem prowadzonej działalności, o tyle w przypadku studiów nie jest już to takie oczywiste. Zasadą jest bowiem, aby uznać dany wydatek za koszt podatkowy musi istnieć związek pomiędzy jego poniesieniem a uzyskaniem przychodów.
W interpretacji indywidualnej z 21 listopada 2013 r., wydanej przez Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy (ITPB1/415-940/13/TJ) uznano, że opłaty ponoszone na studia doktoranckie w zakresie prawa mogą zostać zaliczone do kosztów podatkowych, ponieważ, jak podniosła wnioskodawczyni będąca notariuszem, będzie się ona wyróżniała spośród innych przedstawicieli swojego zawodu posiadaniem stopnia naukowego doktora, przy czym wskazała, że temat dysertacji nie został jeszcze ustalony.
Inaczej Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, w interpretacji indywidualnej z 2 sierpnia 2013 r. (IPPB1/415-575/13-2/AM) odniósł się do wniosku podatniczki, która wykonując zawód rzecznika patentowego, była uczestniczką studiów doktoranckich w zakresie prawa, w ramach których pisała pracę dotyczącą powiązań prawa karnego starożytnego Rzymu w odniesieniu do fałszerstw w nawiązaniu do współczesnych instytucji prawa karnego w tym zakresie. Organ uznał, że wskazany wydatek ma charakter osobisty, przy czym nie wyjaśnił, czy brak celowości wydatku z przychodem upatrywał w temacie pracy czy w ogólnym uznaniu, że wydatki na studia służą wszechstronnemu rozwojowi, a nie mają związku z przychodem.
W interpretacji z 16 maja 2013 r. (IPTPB1/415-147/13-2/AP) Dyrektor Izby Skarbowej w Łodzi uznał wydatek na studia doktoranckie lekarza medycyny, jako służący podniesieniu ogólnego poziomu wiedzy i wykształcenia, a zatem mający charakter osobisty. Wnioskodawca podniósł, że uzyskanie tytułu doktora nauk medycznych pozwoli mu na podwyższenie stawek za swoje usługi oraz pozwoli na rozszerzenie działalności i zdobycie nowych kontrahentów.
W innej interpretacji indywidualnej z 3 października 2013 r. (IPTPB1/415-457/13-4/MD) organ nie odmówił zaliczenia ww. wydatku do kosztów podatkowych. Podkreślił jednocześnie, że zdobycie tytułu doktora zwiększa prestiż, konkurencyjność na rynku pracy, a co za tym idzie ma wpływ na przychody z prowadzonej działalności gospodarczej. Stąd rozbieżności w wydawanych interpretacjach występują również w ramach jednej izby skarbowej i to w krótkim odstępie czasu.
Orzecznictwo nie jest szczególnie bogate w tym zakresie, najczęściej podatnicy powołują się na wyrok NSA z 13 maja 1998 r. (sygn. akt SA/Sz 1354/97), w którym stwierdza się, że : „Podnoszenie kwalifikacji pracowniczych ma wpływ na osiąganie przez firmę przychodów i powinno być zakwalifikowane jako koszty uzyskania przychodów, choć taki wydatek trudno wiązać z konkretnym przychodem. Jest to koszt ogólny działalności firmy, podobnie jak płace pracowników i inne tego typu koszty funkcjonowania przedsiębiorstwa”.