Sytuacja, w której podwykonawcy mogą odzyskać VAT zapłacony przy zakupie materiałów na potrzeby wykonywanych usług dopiero poprzez zwrot z urzędu skarbowego powoduje istotne wydłużenie okresu w jakim przedsiębiorca ponosi ciężar VAT - zauważają eksperci Lewiatana. Ponadto organy podatkowe często zgłaszają zastrzeżenia do wniosków o zwrot i w konsekwencji podatnik otrzymuje zwrot podatku nie w ciągu ustawowych 60 dni, a znacznie później.
Zwracają też uwagę, że wprowadzone w pośpiechu zmiany rodzą wiele niejasności interpretacyjnych, np. nie wiadomo do końca, kto ma obowiązek rozliczania VAT po nowemu, czyli kto jest z podatkowego punktu widzenia uznawany za podwykonawcę. Co prawda w objaśnieniach podatkowych z 17 marca 2017 r. minister finansów odpowiedział na część wątpliwości podatników, ale część zagadnień wyjaśniono tylko pośrednio, poprzez wskazanie przykładów zastosowania nowych przepisów, co rodzi obawy o to, czy zastosowanie się do przykładów daje podatnikom ochronę.
Nie odniesiono się np. do problemu tzw. dostawy z montażem, czyli świadczenia w ramach którego następuje jednocześnie dostawa towaru i wyświadczenie usług związanych z tą dostawą przez jeden podmiot. Problem rodzi wiele wątpliwości interpretacyjnych, w szczególności dotyczących uznania świadczenia za jednolite, czyli opodatkowane VAT w całości w jednakowy sposób albo za odrębną dostawę opodatkowaną VAT na zasadach ogólnych i usługę opodatkowaną odwrotnym obciążeniem oraz ustalenia świadczenia nadającego charakter całości, co w przypadku uznania świadczenia za jednolite jest kluczowe dla ustalenia sposobu opodatkowania.
Chociaż wyjaśniono, że podmiot obciążający częścią kosztów prac najemców stanowi generalnego wykonawcę, to nie wskazano jakie konsekwencje ma obciążenie najemców wyłącznie częścią kosztów prac. W praktyce oznacza to, że obciążenie nawet niewielką częścią kosztów najemców może powodować obowiązek rozliczenia całości wynagrodzenia podwykonawców z zastosowaniem odwrotnego obciążenia.
Nie wyjaśniono też, czy refakturowanie kosztów należy traktować jako ich wykonawstwo i w związku z tym rozliczać wynagrodzenie podmiotu de facto wykonującego prace z zastosowaniem odwrotnego obciążenia i czy fakt zgłoszenia inwestorowi swojego statusu ma wpływ na bycie lub nie „podwykonawcą" VAT. Nie wiadomo także, czy podwykonawca poniesie negatywne skutki przedstawienia przez jego kontrahenta błędnego oświadczenia np. wskazania, że odsprzedaje usługę budowlaną ale faktycznie tego nie zrobi.