Wyjaśnieniu tych wątpliwości może służyć wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 maja 2008 r., sygn. akt II FSK 444/07. W sprawie, która stała się przedmiotem rozpoznania sądu podatnik prowadzący działalność jako deweloper zakupił od innego dewelopera na początku 2002 r. apartamentowiec w budowie. Spółka przejęła też zobowiązania dewelopera wobec inwestorów indywidualnych, których część wpłaciła już mu zaliczki na poczet zakupu mieszkania. Podatnik w tym samym roku skończył budowę, dokonał wyodrębnienia mieszkań i ich sprzedaży inwestorom. Przy rozliczaniu poszczególnych transakcji brał pod uwagę wpłacone na rzecz poprzedniego dewelopera zaliczki.
Przy dokonywaniu rozliczenia podatkowego za 2002 r. spółka wykazała jako przychód tylko te kwoty, które faktycznie otrzymała od nabywców mieszkań, a więc ceny lokali pomniejszone o wysokość zaliczek. Na skutek przeprowadzonej kontroli podatkowej organy podatkowe uznały, że spółka nieprawidłowo obliczyła przychód. Ich zdaniem powinna ona była sumę cen mieszkań wykazać jako przychód należny i od całości tej kwoty zapłacić podatek dochodowy od osób prawnych.
Spółka wniosła skargę od decyzji dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu. W skardze argumentowała, że kwoty wpłaconych poprzedniemu deweloperowi zaliczek są wyłącznie jego przychodem. Nie mogą być traktowane jako jej przychód należny, gdyż nie ma ona do nich żadnego tytułu prawnego, nie są to jej wierzytelności.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wyrokiem z 19 października 2006 r., sygn. akt I SA/Wr 623/05) uchylił decyzję dyrektora izby skarbowej w części dotyczącej odsetek za zwłokę. W pozostałej kwestii utrzymał decyzję dyrektora izby skarbowej w mocy. Sąd co prawda uznał, że spółka we właściwy sposób rozumie pojęcie przychodu należnego, którego definicja zawarta jest w przepisie art. 12 ust. 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn. Dz.U. z 2000 r., nr 54, poz. 654 z późn. zm., dalej jako: u.p.d.o.p.), jednak w rezultacie oddalił skargę spółki. Sąd pierwszej instancji stwierdził, ze po stronie spółki wystąpił przychód należny.
Podatnik złożył skargę na powyższy wyrok na Naczelnego Sądu Administracyjnego. Argumentował w niej,, że wyrok sądu pierwszej instancji jest sprzeczny, bowiem sąd ten przyznał rację spółce odnośnie przychodu należnego, a mimo to oddalił skargę spółki. Ponadto podatnik zarzucił organom podatkowym, że nie przeprowadziły wszystkich możliwych dowodów (np. dowodu z ksiąg podatkowych).
Naczelny Sąd Administracyjny przyznał rację spółce, uchylił wyrok sądu pierwszej instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpoznania. W uzasadnieniu wyroku NSA podkreślił, że sąd pierwszej instancji naruszył zarówno przepisy postępowania podatkowego, jak i prawa materialnego. Po pierwsze organy podatkowe nie uwzględniły dowodu z ksiąg podatkowych. Po drugie, w omawianej sprawie zaliczki wpłacone przez inwestorów indywidualnych były przychodem dewelopera, który sprzedał apartamentowiec podatnikowi. Nie można więc twierdzić, że stanowiły one przychód należny spółki. Były to bowiem kwoty, których nie mogła się ona w żaden sposób domagać.
NSA podkreślił, że spółka nie miała tytułu prawnego do domagania się od nabywców lokali zapłaty ceny wskazanej w aktach notarialnych. Skoro podatnikowi nie przysługiwała od nabywców lokali zapłata całości ceny za sprzedawane lokale, to zupełnie błędnie przyjęto, że wystąpił w tych przypadkach u podatnika przychód należny w wysokości ceny lokalu określonej w akcie notarialnym sprzedaży.
Ponadto NSA zarzucił, że sąd pierwszej instancji bezpodstawnie powołał się w omawianej sprawie na przepis art. 14 ust. 1 u.p.d.o.p., który odnosi się tylko do sprzedaży niezwiązanej z działalnością gospodarczą.
Reasumując stwierdzić należy, że jeśli deweloper sprzedał wybudowany przez siebie budynek w stanie surowym innej firmie deweloperskiej i jeżeli przed datą sprzedaży sprzedający pobrał od inwestorów indywidualnych zaliczki na poczet zakupu mieszkania w tym budynku, to są one jego przychodem, nie zaś przychodem należnym nabywcy budynku. Deweloper, który sprzedał budynek, przy rozliczaniu podatku dochodowego od osób prawnych powinien pobrane od inwestorów zaliczki wykazać jako przychód. Zaś deweloper, który nabył budynek, a następnie sprzedał mieszkania inwestorom indywidualnym, przy rozliczaniu podatku dochodowego od osób prawnych powinien wykazać jako przychód jedynie kwoty faktycznie od nich otrzymane, tj. ceny lokali pomniejszone o wysokość zaliczek.