Z przepisów rozporządzenia z 5 marca 2012 r. w sprawie wzoru i sposobu prowadzenia metryki sprawy (Dz. U. 2012, poz. 246) wynika, że metryka powinna być prowadzona odrębnie dla każdej sprawy, także wówczas, gdy sprawa jest powiązana z inną sprawą podatkową. Metryka sprawy powinna być też prowadzona oddzielnie dla każdego postępowania. Oddzielnie dla postępowania prowadzonego w I instancji, postępowania odwoławczego czy postępowania w trybach nadzwyczajnych.

W metryce powinny być odnotowane wszystkie czynności podejmowane w postępowaniu podatkowym, z wyłączeniem czynności technicznych (tu drukowanie, kopertowanie). Metrykę sprawy zakłada i aktualizuje osoba prowadząca sprawę w postępowaniu podatkowym, a więc osoba, której sprawa została przydzielona do załatwienia. Metryka sprawy zawiera: rodzaj podjętej czynności, imię i nazwisko oraz stanowisko służbowe osoby, która podjęła czynność w postępowaniu podatkowym, datę podjętej czynności oraz rodzaj, datę i numer dokumentu określającego podjętą czynność.

Z kolei w rozporządzeniu z 1 marca 2012 r. w sprawie rodzajów spraw, w których jest wyłączony obowiązek prowadzenia metryki sprawy (Dz. U. 2012, poz. 245), minister finansów określił rodzaje spraw, w których obowiązek prowadzenia metryki sprawy jest wyłączony ze względu na nieproporcjonalność nakładu środków koniecznych do prowadzenia metryki w stosunku do prostego i powtarzalnego charakteru tych spraw.

Obowiązek prowadzenia metryki został wyłączony w postępowaniach podatkowych w sprawie:

- zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowej,

- umorzenia w całości lub części zaległości podatkowych, odsetek za zwlokę lub opłaty prolongacyjnej (w przypadkach określonych w art. 67d Ordynacji podatkowej),

- zaliczenia nadpłaty lub zwrotu podatku na poczet zaległych oraz bieżących zobowiązań podatkowych,

- ustalenia zobowiązań podatkowych, które ustalane są corocznie, jeżeli stan faktyczny na podstawie, którego ustalono wysokość zobowiązania podatkowego, nie uległ zmianie,

- ustalenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od spadków i darowizn, jeżeli decyzja jest wydawana wyłącznie na podstawie danych zawartych w złożonym zeznaniu o nabyciu rzeczy lub praw majątkowych oraz dołączonych do tego zeznania dokumentów,

- ustalenia wysokości zobowiązania podatkowych w podatku od nieruchomości, podatku rolnym i podatku leśnym, jeżeli decyzja jest wydawana wyłącznie na podstawie danych zawartych w złożonej przez osobę fizyczną informacji o nieruchomościach i obiektach budowlanych, informacji o gruntach lub lasach,

- ustalenia wysokości zaliczek na podatek dochodowy dla osób osiągających dochód z działów specjalnych produkcji rolnej,

- ustalenia wysokości podatku dochodowego w formie karty podatkowej,

- ustalenia wysokości podatku dochodowego w formie ryczałtu od przychodów duchownych,

- zwrotu osobom fizycznym części wydatków poniesionych na zakup materiałów budowlanych w związku z budową i remontem budynku mieszkalnego,

- wydawania podatkowych znaków akcyzy lub sprzedaży legalizacyjnych znaków akcyzy.

Wyłączenie dotyczy także:

- postępowań kontrolnych prowadzonych przez organy kontroli skarbowej w zakresie przestrzegania przez urzędy państwowe czy jednostki samorządu terytorialnego przepisów prawa finansowego oraz kontroli oświadczeń majątkowych osób zatrudnionych w administracji celnej, podatkowej, kontroli skarbowej oraz w Ministerstwie Finansów,

- kontroli wykonywanej przez Służbę Celną.Wskazanych powyżej wyłączeń nie stosuje się jednak w postępowaniach odwoławczych oraz w postępowaniach w trybach nadzwyczajnych.

Odpowiednie przepisy wykonawcze do k.p.a. do wydania, których upoważniony jest Minister Administracji i Cyfryzacji pozostają jeszcze w przygotowaniu.