Organy podatkowe w razie podejrzenia, że zawarta przez podatnika umowa jest fikcyjna mają obowiązek wystąpienia do sadu cywilnego celem ustalenia, czy tak jest rzeczywiście. Jeżeli bowiem z materiału dowodowego wynikają wątpliwości dotyczące istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego, od którego zależą skutki podatkowe, organ podatkowy – zgodnie z art. 199a § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t jedn. Dz.U. 2005 r., nr 8, poz. 60) ma obowiązek wystąpić o ustalenie istnienia tego stosunku prawnego (lub braku stosunku prawnego) do sądu powszechnego. W razie istnienia powyższych wątpliwości organ podatkowy ma obowiązek wystąpić do sądu powszechnego nawet wtedy, gdy według jego subiektywnego przekonania takich wątpliwości nie ma. Takie wystąpienie do sądu powszechnego powinno nastąpić przede wszystkim wówczas, jeżeli jedna ze stron umowy oświadcza, że umowa miała charakter fikcyjny, a druga strona oświadcza, że umowa miała charakter rzeczywisty.

Jako poparcie powyższego poglądu można wskazać wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 9 sierpnia 2007 r., sygn. akt I SA/Kr 296/06. W sprawie będącej przedmiotem rozpoznania sądu spółka z o.o. prowadzi działalność w zakresie produkcji i sprzedaży styropianu. W 2001 r. zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów m.in. kwotę około 700 tys. zł, stanowiącą koszt nabycia kilku partii styropianu. Zakupy te były udokumentowane fakturami oraz potwierdzeniami przelewu na rachunek sprzedającego. Kontrahent spółki był osobą fizyczną prowadzącą działalność ¬gospodarczą.
Wobec podatnika wszczęte zostało postępowanie kontrolne. Dyrektor urzędu kontroli skarbowej stwierdził, że wspomniana wyżej kwota 700 tys. zł. została zaliczona do kosztów uzyskania przychodów bezprawnie, bowiem nie odzwierciedlała rzeczywistych transakcji. Kontrahent spółki zeznał, że między nim a spółką nie doszło do rzeczywistej transakcji sprzedaży. Doszło jedynie do wystawienia kilku pustych faktur, po których spółka dokonywała odpowiednich przelewów. Zgodnie z tymi zeznaniami, po każdym przelewie, kontrahent podejmował z banku kwotę przelewu i oddawał ją w gotówce przedstawicielowi spółki. W myśl zeznań, kontrahent chciał zrobić uprzejmość jedynemu wspólnikowi spółki: dzięki fikcyjnym transakcjom spółka mogła obniżyć podstawę opodatkowania za 2001 r.

Poza tym dyrektor urzędu kontroli skarbowej ustalił, że przewozy towarowe między obiema firmami były nieliczne; ich ilość była niewspółmiernie mała w stosunku do rozmiarów rzekomych transakcji. W konsekwencji dyrektor urzędu kontroli skarbowej wyłączył z kosztów uzyskania przychodów kwotę 700 tys. zł. oraz określił zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych.

Ustalenia powyższe zostały ostatecznie podtrzymane decyzją dyrektora izby skarbowej. W związku z tym spółka wniosła skargę na tę decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Zakwestionowała w niej wiarygodność zeznań kontrahenta. Podatnik powołał się na art. 199a § 3 ustawy - Ordynacja podatkowa, który stanowi, że jeżeli z dowodów zgromadzonych w toku postępowania, w szczególności zeznań strony, chyba że strona odmawia składania zeznań, wynikają wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa, z którym związane są skutki podatkowe, organ podatkowy występuje do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia tego stosunku prawnego lub prawa. Tymczasem zdaniem podatnika w omawianej sprawie organy podatkowe, mimo istnienia wątpliwości, o których jest mowa we wskazanym wyżej przepisie, nie zwróciły się do sądu powszechnego o ustalenie nieistnienia stosunku prawnego między spółką i kontrahentem.

W odpowiedzi na skargę dyrektor izby skarbowej stwierdził, że wspomnianych powyżej wątpliwości nie było. Dodał ponadto, że „wątpliwości”, o jakich mowa w art. 199a § 3 Ordynacji podatkowej zachodzą wtedy, kiedy poweźmie je organ podatkowy.

Sąd uchylił decyzje organów podatkowych. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że w omawianej sprawie były wątpliwości odnoszące się do istnienia (lub nieistnienia) stosunku prawnego, z którym organy wiązały skutki podatkowe. Organy podatkowe powinny zatem, w myśl art. 199a § 3 Ordynacji podatkowej wystąpić do sądu powszechnego o ustalenie istnienia stosunku prawnego lub o ustalenie jego braku. „Wątpliwości”, o jakich mowa w tym przepisie muszą być rozumiane jako wątpliwości, które obiektywnie wynikają z materiału dowodowego. Nie można interpretować wskazanego wyżej przepisu w taki sposób, że decyduje w takim przypadku subiektywne przekonanie organu podatkowego – podsumował sąd.