Podatnicy VAT przed dokonaniem pierwszej czynności są zobowiązani złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne VAT-R. Zgodnie z art. 96 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług naczelnik urzędu skarbowego rejestruje podatnika i potwierdza jego zarejestrowanie (VAT-5) jako "podatnika VAT czynnego" lub "podatnika VAT zwolnionego". Potwierdzenie rejestracji podlega opłacie skarbowej w wysokości 170 zł, która powinna być uiszczona przed złożeniem zgłoszenia.
Jednocześnie, zgodnie z art. 96 ust. 13 ustawy o VAT, naczelnik urzędu skarbowego jest obowiązany potwierdzić na wniosek zainteresowanego, którym może być zarówno podatnik, jak i osoba trzecia mająca interes prawny w złożeniu wniosku, czy podatnik jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub zwolniony. Z tego tytułu opłata skarbowa wynosi 21 zł.
W projekcie zaproponowano, by potwierdzenie zarejestrowania było wydawane wyłącznie na wniosek zainteresowanego. Zdaniem projektodawców obniży to koszty związane z rozpoczęciem działalności gospodarczej.