Naczelny Sąd Administracyjny rozpatrywał sprawę Rady Głównej Jednostek Badawczo - Rozwojowych, która zwróciła się do izby skarbowej o interpretację przepisów prawa podatkowego w sprawie zwolnienia tych jednostek z podatku dochodowego od osób prawnych.
Rada spytała izbę, czy dochody z działalności gospodarczej uzyskiwane przez jednostki i przeznaczane na ich cele statutowe są zwolnione z podatku dochodowego zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 4 w związku z art. 17 ust. 1b oraz art. 17 ust. 1c ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Na podstawie tych przepisów Rada uznała, że takie zwolnienie jednostkom przysługuje. Izba skarbowa uznała takie stanowisko za nieprawidłowe.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Rada ponowiła swoje zarzuty. WSA uznał jednak, że nie może merytorycznie rozpoznać skargi (sygn. III SA/WA 1758/09). Stwierdził bowiem, że izba w ogóle nie powinna była rozpoznać interpretacji, tylko powinna była odmówić wszczęcia postępowania
WSA przypomniał, że zgodnie z art. 14b par. 1 ordynacji podatkowej (Op) pisemna interpretacja przepisów prawa podatkowego może być wydana jedynie samemu zainteresowanemu - czyli podmiotowi, który w jej wydaniu ma konkretny, zindywidualizowany interes wyznaczony przez przepisy prawa. Według WSA, Rada nie była podmiotem zainteresowanym w rozumieniu art. 14b par. 1 Op, bo to nie ona jest podatnikiem, tylko poszczególne jednostki jako osoby prawne. Rada nie przedstawiła stanu faktycznego w swojej indywidualnej sprawie, lecz w sprawie jednostek badawczo - rozwojowych.
WSA przypomniał, że zgodnie z ustawą o jednostkach badawczo - rozwojowych, zadaniem Rady jest opracowywanie opinii i postulatów w sprawach polityki naukowej i naukowo-technicznej państwa oraz w sprawach warunków i zasad działania jednostek badawczo-rozwojowych. Rada nie ma jednak żadnych uprawnień, które odpowiadałyby definicji podmiotuzainteresowanego w rozumieniu art. 14b par. 1 tej ustawy.
Sprawa trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Ten w wyroku z 11 stycznia 2012 r.(sygn. II FSK 1294/11) potrzymał wykładnię WSA. Orzekł, podobnie jak sąd I instancji, że interpretacja jest wydawana jedynie zainteresowanym, a Rada Główna Jednostek Badawczo-Rozwojowych nie była - w tym wypadku - podmiotem zainteresowanym. Zainteresowany to ten, kto - jak wyjaśnił NSA - zwraca się o interpretację w indywidualnej sprawie. Natomiast Rada nie jest podatnikiem, podatnikami są jej poszczególne jednostki - stwierdził NSA.