Zgodnie z przepisami gminy mają obowiązek dokonania centralizacji rozliczeń VAT z ich jednostkami i zakładami budżetowymi.
Gmina Włocławek ubiegała się o zwrot podatku naliczonego za 2011 r. przy budowie basenu oraz lodowiska. Następnie inwestycja ta została przekazana ośrodkowi sportu i rekreacji, czyli zakładowi budżetowemu tej gminy.
Dopiero po wyroku TSUE (C-276/14) gmina podjęła działania w celu odzyskania VAT. W tym celu skorygowała tylko rozliczenia, które dotyczyły tej inwestycji. Co w praktyce oznaczało dokonanie wybiórczej korekty VAT. Gmina argumentowała, że centralizacja była obowiązkowa dopiero od początku 2017 r., a we wcześniejszych latach tylko fakultatywna. W przekonaniu gminy nie można mówić o uszczupleniu podatku, ponieważ ten należny był odprowadzany przez jej jednostkę.
Jednak naczelnik urzędu skarbowego i dyrektor izby skarbowej uwarunkowali otrzymanie zwrotu podatku przez gminę od skorygowania – zcentralizowania – rozliczenia za cały okres nieobjęty przedawnieniem, czyli od uwzględnienia wszystkich obrotów swoich jednostek oraz zakładów budżetowych. Organy argumentowały, że w przeciwnym razie gmina mogłaby uzyskać nienależną korzyść podatkową.
WSA korzystnie dla gmin
Wojewódzki Sąd Administracyjny (I SA/Bd 69/17) podzielił zapatrywania gminny. Sąd podkreślił, że centralizacja ma charakter porządkujący, więc nie można mówić o zachwianiu symetrii rozliczeń pomiędzy podatkiem naliczonym a należnym.
Wątpliwości NSA
Z kolei Naczelny Sąd Administracyjny (I FSK 1237/17) nie był tak pewny jak WSA. Sąd, rozpoznając sprawę gminy, nabrał wątpliwości i skierował pytanie pod uchwałę.
Jednak po ponownym zbadaniu sprawy NSA (I FPS 7/17) stwierdził, że pytanie nie miało bezpośredniego i ścisłego związku z rozpatrywaną sprawą. W związku z tym sprawa gminy Włocławek została skierowana do rozpatrzenia przed składem siedmiu sędziów.
Warunkiem zwrotu VAT centralizacja
23 kwietnia br. Naczelny Sąd Administracyjny (I FSK 1237/17) oddalił skargę kasacyjną fiskusa, przy czym stwierdził, że wyrok jest błędnie uzasadniony, ale odpowiada prawu. Sąd zgodził się z organami podatkowymi, że gmina może odzyskać VAT za okres sprzed 1 października 2016 r. pod warunkiem, że scentralizuje rozliczenia swoje i wszystkich swoich jednostek i zakładów budżetowych za pięć lat wstecz.
Jednak NSA uznał, że fiskus zastosował błędny tryb do całego postępowania. Niezgodnym z prawem było uznanie organu, że korekta jest dokonana nieprawidłowo, ponieważ nie było centralizacji. Fiskus powinien podjąć działania zmierzające do określenia podatku, czyli powinno zostać przeprowadzone postępowanie wyjaśniające. NSA wskazał, że odpowiedni tryb postępowania jest określony w przepisach, według których organ powinien wezwać gminę do dokonania centralizacji. W przeciwnym razie powinien pozostawić sprawę bez rozpatrzenia.