Uchylony zostaje obowiązek określania w aktach wykonawczych struktur logicznych deklaracji i podań oraz zgłoszeń identyfikacyjnych i aktualizacyjnych. Przyjmuje się, że w tym zakresie wystarczające będzie zamieszczanie worów struktur logicznych tych dokumentów w centralnym repozytorium wzorów pism w formie dokumentów elektronicznych prowadzonym zgodnie z przepisami wykonawczymi do ustawy o podpisie elektronicznym. Zmiany te wejdą w życie 1 stycznia 2011 roku.
Wprowadza się przepisy uprawniające ministra właściwego do spraw finansów publicznych do przetwarzania, w ramach ogólnego nadzoru w sprawach podatkowych, danych zawartych w deklaracjach podatkowych pod warunkiem zachowania przepisów o ochronie danych osobowych oraz tajemnic ustawowo chronionych.
Podwyższona zostaje stawka odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych. Obecnie wynosi ona 200 % podstawowej stopy oprocentowania kredytu lombardowego ustalanej zgodnie z przepisami o NBP, a zgodnie ze znowelizowanym przepisem art. 56 § 1 Ordynacji podatkowej ma być równa sumie 200 % podstawowej stopy oprocentowania kredytu lombardowego i 2 % i nie może być niższa niż 8 %.
W związku z małym zainteresowaniem przedsiębiorców zmianie ulegają zasady udzielania ulg w spłacie zobowiązań podatkowych stanowiących pomoc publiczną m. in. na szkolenia, zatrudnienie i pomoc regionalną. Zrezygnowano z wydawania rozporządzeń Rady Ministrów w tym zakresie a udzielenie pomocy w formie ulg podatkowych będzie możliwe w szczególnie uzasadnionych przypadkach, na warunkach określonych w art. 67b § 3 Ordynacji, tj. jako pomoc indywidualną zgodną z programami rządowymi lub samorządowymi albo udzieloną w ramach programów pomocowych określonych w odrębnych przepisach.
W celu usunięcia wątpliwości interpretacyjnych w zakresie określenia momentu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w przypadku wystąpienia zdarzeń skutkujących zawieszeniem w okresie od dnia terminu zapłaty podatku do końca roku kalendarzowego, dotychczasową instytucję zawieszenia biegu terminu przedawnienia uzupełnia się o instytucję, którą można określić jako "spoczywanie biegu terminu przedawnienia" (bieg terminu nie rozpoczyna się).
Wprowadzone zostają przepisy umożliwiające byłym wspólnikom rozwiązanej spółki cywilnej składanie wniosków o zwrot nadpłat podatków należnych tej spółce wraz z odpowiednimi korektami deklaracji oraz przepisy określające sposób realizacji tego uprawnienia przez organy podatkowe. Dzięki przepisom przejściowym, byli wspólnicy, którym odmówiono wszczęcia postępowania, postępowanie zostało umorzone albo odmówiono stwierdzenia nadpłaty, będą mogli w ciągu 3 miesięcy od wejścia w życie ustawy złożyć wniosek o wznowienie postępowania.
Zwiększona zostaje częstotliwość przekazywania przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych informacji o założonych i zlikwidowanych rachunkach bankowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej. Obecnie informacje te sporządzane i przekazywane są raz w miesiącu, a zgodnie z nowymi przepisami, będzie to odbywać się w dwóch okresach sprawozdawczych - od 1 do 15 dnia miesiąca oraz od 16 do ostatniego dnia miesiąca. Obowiązek ten nie będzie dotyczył rachunków bankowych założonych i zlikwidowanych w tym samym okresie sprawozdawczym. Zmiany w tym zakresie wejdą w życie 1 sierpnia 2011 roku.
Wprowadza się przepis, który uprawnia ministra właściwego do spraw finansów publicznych do upoważnienia podległego mu organu podatkowego do występowania do władzy państwa członkowskiego UE z wnioskiem o doręczenie pisma organu podatkowego. Obecnie uprawnienie to przysługuje wyłącznie ministrowi, co znacznie ogranicza wymianę korespondencji w sprawach podatkowych. Minister będzie mógł także upoważnić podległy mu organ podatkowy do wymiany z państwami Unii informacji dotyczących przychodów z oszczędności osób fizycznych.
Odformalizowane zostaje wszczęcie postępowania w sprawie zabezpieczenia wykonania zobowiązań podatkowych - nie będzie konieczne wydanie postanowienia o wszczęciu postępowania.
Ustawa z dnia 24 września 2010 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz ustawy o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników (Dz. U. Nr 197, poz. 1306) wejdzie w życie 9 listopada 2010 r.