Samo pojęcie „pomocy publicznej” zostało doprecyzowane i w myśl nowelizacji oznacza zwolnienie od podatku dochodowego. Przedsiębiorcy, którym cofnięto zezwolenie, będą mieli obowiązek zwrotu uzyskanych zwolnień podatkowych. Obowiązek ten ma się przedawniać po upływie 10 lat od końca roku, w którym firma skorzystała ze zwolnienia. Tyle samo czasu przedsiębiorcy będą mieli obowiązek przechowywania dokumentacji w tych sprawach. Przedsiębiorcy do czasu zwrotu pomocy nie będą mogli uzyskać nowego zezwolenia.

Ustawa wprowadza też możliwość cofnięcia zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie na wniosek przedsiębiorcy. Jednocześnie ustawa ogranicza możliwość wystąpienia o wygaszenia zezwolenia wyłącznie do sytuacji, gdy przedsiębiorca przed dniem złożenia wniosku nie korzystał ze zwolnienia podatkowego.

Ponadto ustawa przewiduje, że wniosek do ministra gospodarki o zwolnienie z podatku ma być składany w ramach przetargu lub rokowań. Możliwe będzie wcześniejsze złożenie wniosku do ministra gospodarki przez dużego przedsiębiorcę, gdy planuje on nową inwestycję na gruncie nieobjętym strefą. Przedsiębiorca będzie mógł rozpocząć inwestycję po potwierdzeniu przez MG spełnienia efektu zachęty. Możliwość wcześniejszego przystąpienia do realizacji inwestycji jest oczekiwanym rozwiązaniem przez przedsiębiorców, zwłaszcza w sytuacji długotrwałego procesu legislacyjnego zmiany granic stref.

Ponadto ustawa przewiduje, że do rad nadzorczych spółek zarządzających strefami w miejsce przedstawiciela wojewody wejdzie przedstawiciel ministra finansów. Przemawia za tym forma pomocy publicznej udzielanej w strefach (zwolnienia podatkowe), położenie stref na terenie kilku województw i fakt, że wojewoda nie odpowiada za rozwój regionalny.

Rozszerzony został, również katalog głównych zadań zarządzających SSE. Ustawa nakłada na spółki zarządzające sse obowiązek współpracy ze szkołami ponadgminazjalnymi i wyższymi. Jej celem ma być dostosowanie oferty edukacyjnej i programów nauczania do potrzeb pracodawców. SSE będą również zobowiązane do prowadzenia działań zwiększających potencjał stref do powstawania struktur klastrowych.

Ustawa ujednolica też zasady zmiany zezwoleń na działalność w strefie, niezależnie od daty ich wydania. Od 4 sierpnia 2008 r. zasady zmiany zezwolenia są korzystniejsze od obowiązujących wcześniej, ponieważ dopuszczają obniżenie warunku zatrudnienia o nie więcej niż 20 proc. wielkości bazowej. W warunkach recesji gospodarczej, regulacja ta stała się niezbędna również dla przedsiębiorców posiadających wcześniej wydane zezwolenia. Dlatego zastosowanie jej wobec wszystkich przedsiębiorców strefowych, powinno uchronić wiele firm przed skutkami cofnięcia zezwolenia, tym samym zapewniając im możliwość przetrwania trudnego okresu.

Ustawa trafi teraz do Senatu.