Wyspecjalizowane urzędy skarbowe rozpoczęły działalność 1 stycznia 2004 r. W dzisiejszym stanie prawnym 20 takich urzędów obsługuje podmioty m.in. o rocznym obrocie powyżej 5 mln euro rocznie oraz podmioty z n kapitału zagranicznego – również te, które prowadzą działalność gospodarczą niewielkich rozmiarów. Wg danych na koniec 2013 r. obsługiwały one 96 903 podatników, z czego tylko 14,45 proc. ogólnej liczby wszystkich podatników wykazało przychody ogółem o równowartości co najmniej 5 mln euro. Dlatego zaistniała potrzeba przyjęcia nowych kryteriów przy określaniu kategorii podatników i płatników objętych właściwością wyspecjalizowanych urzędów skarbowych.

Projekt rozporządzenia zawiera nowy katalog podatników i płatników obsługiwanych przez wyspecjalizowane urzędy. Znalazły się w nim:
- podatkowe grupy kapitałowe oraz spółki tworzące podatkowe grupy kapitałowe
- banki państwowe, banki w formie spółek akcyjnych i banki spółdzielcze;
- zakłady ubezpieczeń i zakłady reasekuracji;
- jednostki działające na podstawie przepisów ustawy o obrocie instrumentami finansowymi, ustawy o funduszach inwestycyjnych i ustawy o funkcjonowaniu funduszy emerytalnych;
- spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe;
- oddziały lub przedstawicielstwa przedsiębiorstw zagranicznych;
- osoby fizyczne, z wyłączeniem podatników podatku od spadków i darowizn, oraz osoby prawne lub jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, które osiągnęły w ostatnim roku podatkowym przychód netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług o równowartości w walucie polskiej co najmniej 3 mln euro ustalonego na podstawie sprawozdania finansowego sporządzonego zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości

Właściwość wyspecjalizowanych urzędów skarbowych nie będzie obejmowała, tak jak dotychczas, podmiotów z tzw. kapitałem zagranicznym oraz zarządzanych bezpośrednio lub pośrednio przez nierezydentów o ile nie osiągną oni wymaganego pułapu przychodów.

Dla zapewnienia lepszej obsługi podmiotom dokonującym skomplikowanych operacji gospodarczych, w ramach istniejącej siatki wyspecjalizowanych urzędów wyodrębniony został jeden o zasięgu krajowym. Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy w Warszawie obsługiwać będzie podmioty osiągające przychód netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług o równowartości co najmniej 50 mln euro, podatkowe grupy kapitałowe, banki (z wyłączeniem banków spółdzielczych), zakłady ubezpieczeń i zakłady reasekuracji, jednostki działające na podstawie ustawy o obrocie instrumentami finansowymi oraz przepisów o funduszach inwestycyjnych i funduszach emerytalnych. Jednakże nie będzie obsługiwał podmiotów, które mimo osiągnięcia określonego pułapu przychodów nie mają stricte potencjału gospodarczo-podatkowego (publiczne szkoły wyższe, instytuty badawcze, samodzielne publiczne zakłady opieki zdrowotnej i samorządowe zakłady budżetowe).

Pozostałe 19 wyspecjalizowanych urzędów skarbowych, działających tak jak dotychczas w poszczególnych województwach, skoncentruje się na obsłudze banków spółdzielczych, spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych, oddziałów lub przedstawicielstw przedsiębiorstw zagranicznych oraz podmiotów, których przychód netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług wynosić będzie równowartość co najmniej 3 mln euro.

Zmiana naczelnika urzędu skarbowego właściwego w sprawach ewidencji podatników i płatników powstała w wyniku zmiany warunków zaliczania podmiotów do odpowiedniej kategorii podatników i płatników obsługiwanych przez wyspecjalizowany urząd skarbowy, albo terytorialnego zasięgu działania takiego urzędu, nie będzie wymagała dokonania przez podatnika czy płatnika zgłoszenia aktualizacyjnego.

Informacja pochodzi z programu Lex Administracja Skarbowa