Zmiana dotychczasowych przepisów związana jest z wejściem w życie ustawy z 4 lutego 2011 r. o zmianie ustawy Kodeks postępowania karnego oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2011 r. Nr 53, poz. 273), która została uchwalona m.in. w celu zapewnienia merytorycznej i efektywnej kontroli sądu i prokuratora nad czynnościami operacyjno-rozpoznawczymi organów ścigania i wywiadu skarbowego.
Do ustawy o kontroli skarbowej została wprowadzona instytucja zgody następczej Sądu Okręgowego w Warszawie pozwalająca na wykorzystanie w postępowaniu karnym w sprawie o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe dowodu uzyskanego podczas stosowania kontroli operacyjnej popełnionego przez osobę, wobec której stosowana była kontrola operacyjna, innego niż objęte zarządzeniem kontroli operacyjnej albo popełnionego przez inną osobę.
Z uwagi na powyższe, do rozporządzenia wprowadzone zostały nowe dokumenty kontroli operacyjnej - wniosek Prokuratora Generalnego o wyrażenie zgody w sprawie udzielenia zgody następczej oraz postanowienie Sądu Okręgowego w przedmiotowej sprawie.
Rozporządzenie wprowadza także nowy obowiązek dla Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej dotyczący dołączenia do wniosku o zarządzenie kontroli operacyjnej materiałów uzasadniających potrzebę jej zastosowania.Ponadto wprowadzono nowe w stosunku do dotychczas obowiązującego rozporządzenia dokumenty- zarządzenie GIKS w sprawie zniszczenia materiałów uzyskanych w wyniku stosowania kontroli operacyjnej oraz informację dla Prokuratora Generalnego o wydaniu i wykonaniu takiego zarządzenia. Uregulowano także kwestie przechowywania dokumentów kontroli operacyjnej.
Rozporządzenia Ministra Finansów z 21 marca 2012 r. w sprawie dokumentowania kontroli operacyjnej prowadzonej przez wywiad skarbowy (Dz. U., poz. 383) wejdzie w życie 14 kwietnia 2012 r.