W rozpoznawanej sprawie kwestią sporną była ocena prawa spółki do odliczenia podatku naliczonego z faktury otrzymanej od wykonawcy zastępczego. Chodziło o spółkę, która w ramach wykonawstwa robót budowlanych i obiektów udziela inwestorowi gwarancji. Wykonując zleconą inwestycję spółka zleca poszczególne prace wyspecjalizowanym przedsiębiorcom – podwykonawcom, którzy zobowiązani są w okresie gwarancyjnym do naprawy usterek. Powyższe zabezpieczone jest kaucją gwarancyjną. W przypadku niedotrzymania przez podwykonawcę terminów do usunięcia usterek w okresie gwarancyjnym, spółka bez wyznaczania dodatkowego terminu jest uprawniona do powierzenia tej pracy innemu podmiotowi na koszt i ryzyko podwykonawcy. Spółka w związku z poniesionymi kosztami podwykonawstwa zastępczego ma prawo potrącenia z kaucji gwarancyjnej odpowiedniej kwoty.

Poniesiony przez spółkę wydatek ma ścisły związek z usługami, które świadczy, a usługi są czynnościami opodatkowanymi podatkiem od towarów i usług i dają prawo do odliczenia podatku naliczonego wykazanego w fakturach dokumentujących zastępcze usunięcie usterek. Jednocześnie spółka wskazała, że rozliczenie z pierwotnym podwykonawcą ma znaczenie tylko w zakresie realizacji obowiązków cywilnoprawnych o charakterze odszkodowawczy, jednakże wartość robót jest uwzględniona w cenie usługi opodatkowanej realizowanej dla inwestora.
W ocenie spółki, fakt potrącenia wartości poniesionej szkody z kaucji gwarancyjnej podwykonawcy lub dochodzenia zapłaty w inny sposób, jest czynnością pozostającą bez wpływu dla prawa do odliczania podatku naliczonego wskazanego w fakturze wykonawcy zastępczego.

Natomiast zdaniem fiskusa, warunkiem umożliwiającym spółce skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Według fiskusa z uwagi na fakt, iż zwrot kosztów wykonania zastępczego, należy uznać, jako należność o charakterze odszkodowawczym, która nie wiąże się ze świadczeniem usług i nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, podatek naliczony wykazany na fakturze wystawionej przez podwykonawcę zastępczego nie wiąże się z czynnościami opodatkowanymi. Bez znaczenia dla fiskusa był fakt, iż naprawa usterek przeprowadzana jest w związku z umową o roboty budowlane świadczone na rzecz inwestora, bowiem nie ma on ścisłego związku z opodatkowanymi usługami, które świadczy spółka. Decyduje o tym odszkodowawczy charakter postanowień zawartych pomiędzy spółką, a podwykonawcą.

Sprawę ostatecznie rozpatrzył Naczelny Sąd Administracyjny. Sąd kasacyjny przyznał rację fiskusowi. Wskazał, że niesolidny podwykonawca, (jako dłużnik) powinien generalnemu wykonawcy (wierzycielowi) zwrócić pełne koszty zleconego wykonawstwa zastępczego, a więc ponieść ciężar ekonomiczny wykonanych za niego prac i poniesionych wydatków, w tym także w zakresie podatku od towarów i usług wykazanego przez wykonawcę zastępczego. Gdyby, bowiem wykonał swoje zobowiązania wobec generalnego wykonawcy, ten nie zostałby obciążony kwotą tego podatku, a zatem należność ta stanowi element świadczenia odszkodowawczego od dłużnika na rzecz wierzyciela. W konsekwencji nie ma podstaw do tego, aby generalny wykonawca w takich okolicznościach korzystał z prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktury wykonawcy zastępczego, skoro do zrekompensowania mu tej kwoty zobowiązany jest niesolidny podwykonawca.

Jak podkreślił sąd poniesienie kosztów wykonawstwa zastępczego przez generalnego wykonawcę jest bezpośrednio związane ze świadczeniem odszkodowawczym należnym od niesolidnego podwykonawcy, lecz nie stanowi celu samego w sobie, gdyż usługa wykonawcy zastępczego jest także związana z realizacją obowiązków, jakie spoczywają na generalnym wykonawcy wobec inwestorów, a więc z szeroko pojętymi, realizowanymi przez niego czynnościami opodatkowanymi. Skoro jednak ich zrekompensowanie - w okolicznościach takich, jak w tej sprawie - powinno nastąpić w ramach świadczenia odszkodowawczego obejmującego kwotę należnego VAT, rzutuje to na prawo podatnika do odliczenia tego podatku.

NSA stwierdzić, więc, że podatek wynikający z faktury wystawionej przez wykonawcę zastępczego na rzecz generalnego wykonawcy, z tytułu usługi wykonanej za niesolidnego podwykonawcę, nie podlega odliczeniu na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, skoro podatek ten powinien zostać objęty kwotą odszkodowania należnego generalnemu wykonawcy od niesolidnego podwykonawcy.

Wyrok NSA z 6.07.2017 r., I FSK 2173/15, LEX nr 2338410