Kwestia opodatkowania pakietów medycznych była już wielokrotnie przedmiotem wyjaśnień resortu finansów. Znalazła również swoje odzwierciedlenie w orzecznictwie sądów administracyjnych, m.in. w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 października 2011 r., sygn. akt II FPS 7/10.
W uchwale tej NSA uznał, iż wykupione przez pracodawcę pakiety nieobowiązkowych świadczeń medycznych stanowią dla pracowników, uprawnionych do ich wykorzystania, nieodpłatne świadczenia w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Zdaniem resortu finansów brak jest uzasadnienia do objęcia tego rodzaju nieodpłatnych świadczeń zdrowotnych zwolnieniem od podatku dochodowego. Ich otrzymanie wiąże się bowiem z uzyskaniem konkretnej korzyści finansowej przez pracownika kosztem innego podmiotu (pracodawcy), a ponadto jest związane z zapewnieniem dodatkowej (nieobowiązkowej) opieki zdrowotnej.
Fakt wykupienia przez pracodawcę na rzecz pracowników pakietów medycznych nie rodzi po stronie pracodawcy nowego obowiązku podatkowego. Zakłady pracy co miesiąc dokonują bowiem czynności związanych z obliczeniem i pobraniem zaliczek na podatek od przychodów ze stosunku pracy, za które uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń.