Przedsiębiorcy obawiają się, że system podzielonej płatności będzie wiązał się dla nich z dodatkowymi kosztami. Podwoi się liczba realizowanych przez nich przelewów, gdyż każda faktura będzie przelewana raz na konto do płatności netto, a drugi raz na konto do płatności samego VAT. co zwiększy koszt realizacji tych przelewów. Będą musieli także ponosić koszty prowadzenia kolejnego rachunku bankowego.
Resort finansów chce zminimalizować koszty i obowiązki związane z wprowadzeniem systemu podzielonej płatność. Jak zapewnia wiceminister finansów Paweł Gruza w wywiadzie dla Rzeczpospolitej, resort pracuje nad tym, aby przedsiębiorcy nie musieli sami zakładać nowych rachunków bankowych. Mogłyby być otwierane automatycznie, np. przy zakładaniu firmowego konta. Innym ułatwieniem byłoby rozdzielanie przelewów na poziomie banków.
