Powyższe rozwiązanie nawiązuje do linii prezentowanej przez sądy administracyjne, zgodnie z którą wydanie decyzji w sprawie stwierdzenia nadpłaty wymaga uprzedniego zweryfikowania przez organ podatkowy wysokości zobowiązania. Zakres postępowania o stwierdzenie nadpłaty zostanie wówczas ograniczony treścią wniosku podatnika i zakresem dokonanej korekty.
Projektodawcy podkreślają, że złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie powinno rodzić po stronie organu podatkowego automatycznego obowiązku wszczynania postępowania mającego na celu zbadanie wszystkich elementów konstrukcyjnych zobowiązania, czego nie żąda podatnik. Celem postępowania jest wyłącznie wyjaśnienie kwestii nadpłaty żądanej przez podatnika.
Zaproponowano również by podjęcie decyzji stwierdzającej nadpłatę nie ograniczało możliwości wydania kompleksowej decyzji wymiarowej w okresie późniejszym (w trybie art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej.
Wśród propozycji jest też wyraźne wskazanie, że złożenie korekty deklaracji podatkowej bez wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie będzie wywoływało żadnych skutków prawnych.