Sprawa dotyczyła niemieckiej spółki, która posiadała zarejestrowany od 2006 r. do 2011 r. Oddział będący w Polsce podatnikiem VAT. Działalność Oddziału polegała na nabywaniu towarów, które następnie w ramach wewnątrzwspólnotowej dostawy były przemieszczane z terytorium kraju do spółki, mającej siedzibę w Niemczech.
Oddział ten został zlikwidowany 25 sierpnia 2011 r. poprzez wykreślenie z KRS. Spółka złożyła NIP-2 i VAT-R informując fiskusa o likwidacji Oddziału, nie dokonując zawiadomienia o zaprzestaniu wykonywania czynności opodatkowanych VAT.
W grudniu 2014 r. Spółka złożyła deklarację korygującą w zakresie VAT z wykazaną kwotą podatku VAT w wysokości blisko 2,7 mln złotych. Spółka wskazała, że korekta związana jest z koniecznością wykazania prawidłowych kwot VAT należnego po otrzymaniu pełnej dokumentacji związanej z działalnością Spółki w Polsce.
Fiskus odmówił zwrotu VAT wskazując, że spółka zaprzestając prowadzenia działalności w Polsce poprzez swój oddział utraciła status podatnika VAT z wrześniem 2011 r., tj. z dniem wykreślenia oddziału spółki z KRS, ponieważ nie wykonuje już działalności gospodarczej na terytorium kraju, a więc zaprzestała wykonywania czynności opodatkowanych. Tym samym z dniem utraciła również uprawnienie do skorygowania deklaracji VAT-7 za okres, w którym była zarejestrowanym podatnikiem VAT.
Kluczowe w sprawie było więc ustalenie, czy mamy do czynienia z dwoma podatnikami, a mianowicie ze spółką i jej oddziałem, a także, kto jest uprawniony do występowania w sprawie rozliczeń zlikwidowanego wcześniej oddziału.
Sprawa trafiła do WSA w Warszawie. Zdaniem sądu fiskus nie ma racji. Zdaniem sądu oddział zagranicznego przedsiębiorcy nie stanowi odrębnego podatnika podatku od towarów i usług. Przedsiębiorstwo zagraniczne rejestrując swój oddział w Polsce nie dokonało rejestracji odrębnego podatnika, lecz rejestracji własnego przedsiębiorstwa. W związku z powyższym, mimo iż na terytorium kraju funkcjonuje oddział przedsiębiorcy zagranicznego, to podatnikiem VAT pozostaje przedsiębiorca zagraniczny prowadzący działalność za pośrednictwem utworzonego w tym celu oddziału. A to oznacza, że zarówno przed likwidacją oddziału zagranicznego przedsiębiorcy, jak i po tym zdarzeniu podatnikiem pozostaje ten zagraniczny przedsiębiorca i taka zmiana nie wpływa na zakres jego uprawnień i obowiązków na gruncie VAT. Dzieje się tak, gdyż podatnik pomimo likwidacji oddziału w dalszym ciągu istnieje na terenie państwa członkowskiego UE.
W ocenie WSA, skoro Oddział nie jest pod względem prawnym podmiotem odrębnym od spółki, do której należy, to spółka ma prawo, jako podatnik, który nie posiada na terenie kraju siedziby, a jedynie występuje, jako podatnik po zlikwidowanym własnym oddziale, do korekty deklaracji złożonej wcześniej przez oddział i w konsekwencji otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kraju siedziby zlikwidowanego oddziału z tytułu zakupów dokonywanych przez ten oddział przed likwidacją, a związanych ze sprzedażą dokonywaną przez zlikwidowany oddział w Polsce. Fiskus błędnie więc uznał likwidację Oddziału tak, jak likwidację osoby prawnej ze wszystkimi skutkami likwidacji.
W ocenie WSA, zarówno w przypadku zaniżenia zobowiązania podatkowego przez zlikwidowany oddział, jak i wystąpienia nadwyżki podatku do zwrotu, zobowiązaną do zapłaty lub uprawnioną do zwrotu staje się spółka.
Wyrok WSA w Warszawie z 26 października 2016 r., III SA/Wa 2213/15
