Spółki wodne, zapewniając zaspokojenie potrzeb zrzeszonych w nich osób w dziedzinie gospodarowania wodami, mogą podejmować prowadzenie działalności umożliwiającej osiągnięcie zysku netto.
Działalność spółek wodnych jest zróżnicowana zarówno z punktu widzenia przedmiotu wykonywanych czynności, jak i sposobu finansowania tych czynności, co ma istotne znaczenie z punktu widzenia określenia skutków podatkowych na gruncie systemu VAT.
Jak wyjaśnił minister finansów, ocena, czy czynności podejmowane przez spółki wodne będą korzystać ze zwolnienia od podatku wymaga każdorazowej szczegółowej analizy okoliczności konkretnego stanu faktycznego. Nie jest zatem możliwe formułowanie generalnych i uniwersalnych zarazem ocen w odniesieniu do tych podmiotów bez zbadania konkretnych sytuacji.
Zgodnie z art. 5 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, opodatkowaniu podatkiem podlega m.in. odpłatna dostawa towarów oraz odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Warunkiem opodatkowania jest to, by czynności zostały wykonane przez podatnika VAT działającego w takim charakterze, czyli przez podmiot prowadzący samodzielnie działalność gospodarczą.