Zgodnie z ustawą – Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej, izba skarbowa kontynuuje działalność i staje się izbą administracji skarbowej, natomiast, izbę administracji skarbowej łączy się z mającymi siedzibę w tym samym województwie - izbą celną i urzędem kontroli skarbowej. W związku z powyższym istnieje konieczność właściwego określenia organu wskazanego do prowadzenia niektórych spraw celnych.
Przedmiotowa materia jest obecnie uregulowana w rozporządzeniach ministra finansów z 5 lipca 2016 r. w sprawie wyznaczenia dyrektorów Izb Celnych w Gdyni, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu do prowadzenia niektórych spraw celnych i z 22 kwietnia 2004 r. w sprawie wyznaczenia Dyrektora Izby Celnej w Warszawie do prowadzenia niektórych spraw celnych. Minister finansów i rozwoju przygotował już projekty stosownych rozporządzeń, w których szczegółowo określił zakres spraw, które może prowadzić wyznaczony dyrektor izby administracji skarbowej, uwzględniając potrzebę sprawnego wykonywania zadań oraz jednolitości postępowania.
I tak, zamiast Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie właściwym organem do prowadzenia niektórych spraw celnych będzie Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Warszawie. Wejście w życie rozporządzenia pozwoli na zapewnienie sprawnego i jednolitego trybu postępowania w sprawach dotyczących: wydawania pozwoleń na korzystanie z procedury TIR, prowadzenia w pierwszej instancji postępowań w sprawach dotyczących wiążącej informacji taryfowej oraz wiążącej informacji o pochodzeniu towaru, prowadzenia listy agentów celnych, wydawania decyzji w sprawach wpisu osoby na listę agentów celnych, skreślenia osoby z listy agentów celnych, zawieszenia w działalności agenta celnego i wydawania decyzji w sprawach ochrony praw własności intelektualnej.
Z kolei w projekcie rozporządzenia w sprawie wyznaczenia dyrektorów Izb Administracji Skarbowej w Gdańsku, Poznaniu, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu do prowadzenia niektórych spraw celnych, jako organ właściwy do prowadzenia niektórych spraw celnych wskazano Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku, w miejsce obecnie wykonującego te zadania Dyrektora Izby Celnej w Gdyni.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Poznaniu będzie właściwy do rejestracji klientów Krajowej Administracji Skarbowej na potrzeby korzystania przez nich z systemów informatycznych obsługujących obrót towarowy oraz będzie organem właściwym do nadania, aktualizacji i unieważnienia numeru EORI. Centralizacja została uwzględniona w systemie informatycznym obsługującym proces rejestracji i nadawania numeru EORI.
W projekcie dodano też zadania dla Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie z zakresu obsługi Systemu Statystyki Obrotów Handlowych pomiędzy państwami członkowskimi Unii Europejskiej – INTRASTAT oraz obsługi Systemu Statystyki Obrotów Handlowych z krajami trzecimi – EXTRASTAT.
Ponadto nowelizacja rozporządzenia jest spowodowana koniecznością dostosowania do przepisów unijnego prawa celnego. Nowe regulacje nie wymagają dla potrzeb stosowania procedury składowania celnego pozwolenia na korzystanie z procedury. Pozwolenie takie było wymagane przed wejściem w życie unijnego kodeksu celnego. Obecnie, w celu realizacji procedury w więcej niż jednym kraju członkowskim, przedmiotem konsultacji jest pozwolenie na prowadzenie miejsc składowych przeznaczonych do składowania celnego. Stąd też konieczność uzupełnienia treści rozporządzenia.