W przedmiotowej sprawie organ podatkowy wykazał, że stwierdzone powiązania o charakterze rodzinnym spowodowały, iż ustalone pomiędzy stronami warunki różniły się od warunków, które ustaliłyby między sobą podmioty niezależne. W rezultacie tych powiązań spółka A. poniosła zawyżone koszty, za zlecone firmie B. usługi transportowe i wykazała do opodatkowania dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały.
Organ podatkowy uznał też, że z uwagi na występujące pomiędzy spółką A. a firmą B. powiązania o charakterze rodzinnym i wynikające ze stosunku pracy, spółka miała obowiązek sporządzenia dokumentacji podatkowej, o której mowa w art. 9a ust. 1 ustawy o CIT. Dokumentacja określona w tym przepisie ma wykazać przede wszystkim, że wynagrodzenie w transakcji zawartej pomiędzy podmiotami powiązanymi zostało ustalone na poziomie rynkowym, czyli nieróżniącym się "od warunków, które ustaliły między sobą niezależne podmioty". Obowiązek tworzenia tej dokumentacji stwarza podatnikom możliwość przedstawienia wszelkich okoliczności dających podstawę do uwzględnienia rynkowego charakteru tych transakcji. W ocenie organu podatkowego przedstawiona przez podatnika dokumentacja nie zawierała jednak szeregu elementów wymienionych w art. 9a ust. 1 ustawy o CIT dlatego zaistniały przesłanki do określenia spółce A. na podstawie art. 11 ust. 1 ustawy o CIT dochodów i podatku należnego bez uwzględniania warunków wynikających z tych powiązań.
Spółka zarzuciła organowi podatkowemu błędne przyjęcie, że istnienie powiązań rodzinnych pomiędzy spółką "A", a firmą "B" obligowało do sporządzenia dokumentacji, o której mowa w art. 9a ust. 1 ustawy o CIT. Żądanie przedłożenia tego rodzaju dokumentacji, stanowiło w ocenie spółki nadinterpretację art. 11 ust. 1 i 4 ustawy o CIT, który nie wymienia powiązań rodzinnych, jako okoliczności warunkującej sporządzenie specjalnego rodzaju dokumentacji podatkowej - wobec czego organ nie miał podstaw prawnych do żądania jej od spółki.
Sprawa trafiła ostatecznie do NSA. Sąd uznał, że istotnie art. 9a ust. 1 ustawy o CIT wprost nie wymienia podmiotów powiązanych rodzinnie, więzami wynikającymi ze stosunków pracy, czy kapitałowymi, ale to jest tylko wniosek wynikający z wykładni językowej. Jeżeli natomiast uwzględnić w tej wykładni kontekst art. 9a ust. 1 zawarty w wyrażeniu "podatnicy dokonujący transakcji z podmiotami powiązanymi z tymi podatnikami – w rozumieniu art. 11 ust. 1 i 4", to należy mieć na względzie to, że pojęcie "w rozumieniu art. 11 ust. 1 i 4" oznacza także powiązania, o jakich mowa w art. 11 ust. 5 ustawy o CIT, jako że nie stanowią one samodzielnej przesłanki przesądzającej charakter tych powiązań. Przepisy art. 11 ust. 4 i ust. 5 ustawy o CIT zostały w ustawie zrównane tak co do skutków podmiotowych, jak i przedmiotowych tych powiązań, jak również w zakresie obowiązków dokumentacyjnych. Przepis art. 9a ust. 1 ustawy o CIT nie mówi przy tym, że chodzi o powiązania "o których mowa w art. 11 ust. 1 i 4", lecz "w rozumieniu art. 11 ust. 1 i 4" co nie oznacza tego samego.
Te względy powodują, że zarzut skargi kasacyjnej o dokonaniu przez Sąd pierwszej instancji niekorzystnej, rozszerzającej wykładni art. 9a ust. 1 w zw. z art. 11 ust. 1, 4 i 5 ustawy o CIT należy uznać za nieuzasadniony. W konsekwencji Sąd wyraził pogląd, że przepis art. 9a ust. 1 ustawy o CIT ma zastosowanie także do podmiotów powiązanych, o których mowa w art. 11 ust. 5 tej ustawy.