W stosunku do dotychczas obowiązującej regulacji zmienione zostało nazewnictwo podmiotu, organu i osób wykonujących czynności w ramach kontroli operacyjnej. Zmiana jest rezultatem powołania Krajowej Administracji Skarbowej w miejsce obecnie funkcjonujących: Służby Celnej, administracji podatkowej i kontroli skarbowej, w ramach której zadania te wykonywał wywiad skarbowy. Obecne zadania Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej w zakresie kontroli operacyjnej wykonuje Szef KAS przy pomocy funkcjonariuszy Służby Celno-Skarbowej wykonujących czynności operacyjno-rozpoznawcze, w miejsce pracowników wywiadu skarbowego.
Mając na względzie potrzebę zapewnienia niejawnego charakteru podejmowanych czynności i uzyskanych materiałów, funkcjonariusz Służby Celno-Skarbowej, pisemnie upoważniony przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej, dostarcza wnioski wraz z materiałami uzasadniającymi zastosowanie kontroli operacyjnej do Prokuratora Generalnego oraz sądu i odbiera po podjęciu przez Prokuratora Generalnego decyzji w sprawie zgody oraz po wydaniu postanowienia przez sąd.
Wszystkie zgromadzone podczas stosowania kontroli operacyjnej materiały zawierające informacje mające znaczenie m.in. dla kontroli celno-skarbowej, postępowania podatkowego, postępowania w sprawach celnych lub postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe oraz przestępstwa, o których mowa w art. 2 ust. 1 pkt 14–16 ustawy o KAS przekazuje się za pośrednictwem funkcjonariusza Służby Celno-Skarbowej właściwemu miejscowo organowi KAS. Wszystkie materiały zgromadzone podczas stosowania kontroli operacyjnej zawierające dowody pozwalające na wszczęcie postępowania albo mające znaczenie dla postępowania w sprawie o inne przestępstwa, Szef KAS przekazuje Prokuratorowi Generalnemu za pośrednictwem funkcjonariusza.
W rozporządzeniu uregulowane zostały też kwestie przechowywania dokumentów związanych ze stosowaniem kontroli operacyjnej oraz materiałów zgromadzonych podczas stosowania tej kontroli, jak również przetwarzanie tych materiałów, które odbywa się w sposób uniemożliwiający dostęp do tej dokumentacji osobom nieuprawnionym.
Rozporządzenie ministra rozwoju i finansów z 13 kwietnia 2017 r. w sprawie dokumentowania kontroli operacyjnej prowadzonej przez Krajową Administrację Skarbową (Dz. U. poz. 828) weszło w życie 26 kwietnia 2017 r.
