Obowiązek złożenia comiesięcznego pliku JPK_VAT od 1 lipca 2016 r. dotyczy dużych przedsiębiorców, a od 1 stycznia 2017 r. obowiązkiem tym zostali również objęci mali i średni przedsiębiorcy. Aktualnie do przekazywania plików zobowiązani są więc także przedsiębiorcy, którzy w co najmniej jednym z dwóch ostatnich lat obrotowych zatrudniali średniorocznie 10 lub więcej pracowników oraz osiągnęli roczny obrót netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług oraz operacji finansowych w wysokości co najmniej równowartości w złotych 2 mln euro, lub sumy aktywów ich bilansu sporządzonego na koniec jednego z tych lat osiągnęły co najmniej równowartość w złotych 2 mln euro.
W celu ułatwienia małym oraz średnim przedsiębiorcom wykonania obowiązku na stronie resortu finansów udostępniona jest bezpłatna aplikacja ze wszystkimi funkcjami niezbędnymi do złożenia JPK. Mając na uwadze najczęściej występujące nieprawidłowości, jakie stwierdzono w już przesłanych plikach, resort prosi o zwracanie uwagi na poprawność danych, jakie są wskazywane w toku przesyłania pliku, przede wszystkim na dane składającego (w tym nr NIP) oraz na to, aby pliki JPK_VAT zawierały numery oryginalnych dokumentów, które widnieją na dowodach zakupu/sprzedaży.
Niedopełnienie obowiązku złożenia pliku JPK_VAT w terminie może zostać potraktowane jako naruszenie obowiązków podatkowych i skutkować podjęciem przez właściwy urząd skarbowy czynności wyjaśniających oraz zainicjowaniem procedur przewidzianych w Kodeksie karnym skarbowym.