Odpowiedź:
1.    Do rozliczenia straty Spółki poniesionej w 2013 r. nie znajdzie zastosowania art. 7 ust. 5 u.p.d.o.p. W myśl bowiem do art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej komplementariusz może rozliczyć stratę spółki komandytowo-akcyjnej poniesioną przed dniem 1 stycznia 2014 r. poprzez odliczenie od swojego przychodu części straty przypadającej na niego (proporcjonalnie do udziału w zyskach spółki). Straty tej nie może więc odliczyć spółka komandytowo-akcyjna.
2.    Spółka, już jako podatnik podatku dochodowego od osób prawnych, w styczniu 2014 r. jest uprawniona do zaliczenia całej wartości kosztów wytworzenia tych produktów do kosztów uzyskania przychodów.
Uzasadnienie:
Od dnia 1 stycznia 2014 r. spółka komandytowo-akcyjna stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych dlatego też podobnie jak inne podmioty będące podatnikami podatku dochodowego od osób prawnych spółka taka zobowiązana jest do określania wysokości uzyskiwanych dochodów i strat zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.
Zgodnie bowiem z art. 1 ust. 3 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: . Dz. U. z 2014 r. poz. 851 z późn. zm.) w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2014 r., przepisy u.p.d.o.p. mają również zastosowanie do spółek komandytowo-akcyjnych mających siedzibę lub zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.
Zgodnie natomiast z art. 7 ust. 5 u.p.d.o.p. o wysokość straty, poniesionej w roku podatkowym można obniżyć dochód w najbliższych kolejno po sobie następujących pięciu latach podatkowych, z tym że wysokość obniżenia w którymkolwiek z tych lat nie może przekroczyć 50% kwoty tej straty. 
Jak zwraca uwagę Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z dnia 4 lipca 2014 r., IPPB5/423-403/14-2/AM, w kontekście zmian w modelu opodatkowania spółki komandytowo-akcyjnej przeprowadzonych na przełomie lat 2013 i 2014 istotnego znaczenia nabierają przepisy przejściowe, które są zawarte w ustawie z dnia 8 listopada 2013 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz ustawy o podatku tonażowym (Dz. U. poz. 1387) – dalej ustawa zmieniająca.
Stosownie do art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej komplementariusz spółki komandytowo-akcyjnej będący podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych może obniżyć przychód, o którym mowa w art. 10 ust. 1 ustawy wymienionej w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, o nieodliczoną przed dniem, w którym spółka komandytowo-akcyjna stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, stratę w takiej części, w jakiej pozostawały przychody takiego podatnika z udziału w spółce komandytowo-akcyjnej w poszczególnych latach podatkowych w ogólnej kwocie jego przychodów - o ile strata ta nie może zostać odliczona zgodnie z zasadami, o których mowa w art. 7 ust. 5 ustawy wymienionej w art. 1, ze źródła przychodów, z którego została poniesiona.
W myśl natomiast art. 5 ust. 4 ustawy zmieniającej do odliczenia straty, o której mowa w ust. 1 i 2, stosuje się odpowiednio zasady, o których mowa w art. 7 ust. 5 ustawy wymienionej w art. 1 albo w art. 9 ust. 3 ustawy wymienionej w art. 2, z tym że przy obliczaniu pięcioletniego okresu, o którym mowa w tych przepisach, uwzględnia się lata następujące po roku, w którym strata została poniesiona. Przepisów ust. 1-3 nie stosuje się do przychodu, o którym mowa w art. 10 ust. 1 ustawy wymienionej w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, oraz w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy wymienionej w art. 2, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą, osiągniętego z udziału w zysku spółki komandytowo-akcyjnej utworzonej po dniu 31 grudnia 2013 r. (art. 5 ust. 5).
Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie wyjaśnia tym samym, że przepisy przejściowe pozwalają komplementariuszom spółek komandytowo-akcyjnych na rozliczenie straty poniesionej w latach poprzednich i dotychczas nierozliczonej (w całości). Komplementariusz – podatnik podatku dochodowego od osób prawnych, może rozliczyć stratę spółki komandytowo-akcyjnej poniesioną przed dniem 1 stycznia 2014 r. Może odliczyć od swojego przychodu część straty przypadającą na niego (proporcjonalnie do udziału w zyskach spółki).
W świetle powyższego w Państwa sytuacji do rozliczenia straty Spółki poniesionej w 2013 r. nie znajdzie zastosowania art. 7 ust. 5 u.p.d.o.p. W myśl bowiem art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej komplementariusz może rozliczyć stratę spółki komandytowo-akcyjnej poniesioną przed dniem 1 stycznia 2014 r. poprzez odliczenie od swojego przychodu części straty przypadającej na niego (proporcjonalnie do udziału w zyskach spółki).
W kwestii rozliczenia kosztów bezpośrednich poniesionych w 2013 r., które dotyczą przychodów z lat następnych wskazać należy, że zasady potrącalności kosztów uzyskania przychodów regulują przepisy art. 15 ust. 4-4e u.p.d.o.p., które co do zasady nakazują aby koszty uzyskania przychodów bezpośrednio związane z przychodami, poniesione w latach poprzedzających rok podatkowy oraz w roku podatkowym, były potrącalne w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, z zastrzeżeniem ust. 4b i 4c.
Zgodnie natomiast z art. 9 ust. 1 ustawy zmieniającej spółka komandytowo-akcyjna mająca siedzibę lub zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, powstała przed dniem 1 stycznia 2014 r., kontynuuje, z zastrzeżeniem ust. 2 i 3 (zastrzeżenia te nie mają zastosowania w rozpatrywanej sprawie), dokonaną przed dniem, w którym stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, wycenę podatkową składników majątkowych, w szczególności w zakresie dotyczącym wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, przyjętej metody amortyzacji oraz wysokości odpisów amortyzacyjnych uprzednio dokonanych od tych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, a także – stosując przepisy ustawy wymienionej w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą – uwzględnia zdarzenia zaistniałe przed dniem, w którym stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, które mają wpływ na wysokość jej zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych.
W świetle powyższego Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji z dnia 5 sierpnia 2014 r., IBPBI/2/423-462/14/CzP, uznał, że w sytuacji gdy część produktów wytworzonych w 2013 r. została sprzedana w styczniu 2014 r., to zgodnie z art. 9 ust. 1 ustawy zmieniającej, Spółka, już jako podatnik podatku dochodowego od osób prawnych, w styczniu 2014 r. jest uprawniona do zaliczenia całej wartości kosztów wytworzenia tych produktów do kosztów uzyskania przychodów (…) Potwierdzeniem takiego stanowiska zdaniem urzędu jest także literalne brzmienie cyt. wyżej art. 9 ust. 1 ustawy zmieniającej, z którego wynika, że spółka komandytowo-akcyjna uwzględnia zdarzenia zaistniałe przed tym dniem, które mają wpływ na wysokość jej zobowiązania podatkowego, czyli zdarzenia zaistniałe w Spółce, a nie ewentualne konsekwencje podatkowe tych zdarzeń jakie wystąpiłyby dla jej wspólników będących podatnikami podatku dochodowego (w sytuacji gdyby Spółka takim podatnikiem nie była).
Artur Kowalski, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego
Odpowiedzi udzielono 19 grudnia 2014 r.