Odpowiedź:
Tak, jest w przedstawionej sytuacji dopuszczalne wystawienie faktury eksportowej zawierającej dwie pozycje (a jeszcze lepiej – dwóch faktur), z których jedna dotyczyć będzie świadczonej przez Państwa usługi transportowej.
Uzasadnienie:
Z punktu widzenia VAT obciążanie przez dostawców towarów kosztami transportu nie stanowi, co do zasady, nabywania odrębnie opodatkowanych usług transportowych. Jest to konsekwencją brzmienia art. 29a ust. 6 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) – dalej u.p.t.u., który stanowi, że podstawa opodatkowania (np. dostaw towarów) obejmuje koszty dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy.
Od zasady tej istnieją jednak pewne wyjątki. Jeden z nich dotyczy sytuacji, gdy sprzedawca nie jest odpowiedzialny za transport towarów (np. dostawa towarów zawarta jest np. na warunkach Incoterms przewidujących, że za organizację i koszty transportu odpowiada odbiorca – EXW, FCA, FOB, FAS), a na życzenie klienta na podstawie dodatkowej umowy sprzedawca organizuje dodatkowo przesyłkę. W przypadkach takich uznaje się, że koszty wysyłki towarów pocztą nie powiększają podstawy opodatkowania dostaw towarów (wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów, eksportu towarów), lecz stanowią wynagrodzenie z tytułu podlegającej odrębnemu opodatkowaniu usługi transportowej (zob. przykładowo interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 5 grudnia 2013 r., IPPP1/443-1035/13-2/MP czy interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z dnia 5 listopada 2014 r., IPTPP2/443-572/14-4/IR).
Z treści pytania wynika, że o taką właśnie sytuację chodzi. A zatem jest w przedstawionej sytuacji dopuszczalne wystawienie faktury eksportowej zawierającej dwie pozycje (a jeszcze lepiej – dwóch faktur), z których jedna dotyczyć będzie świadczonej przez Państwa usługi transportowej (przy czym pamiętać należy, że świadczenie takiej usługi nie będzie opodatkowane stawką 0%, lecz stanowić będzie świadczenie usługi niepodlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT w Polsce; w części tej na fakturze nie należy określać stawki podatku, ewentualnie wskazać stawkę „NP”, tj. skrót od „nie podlega”).
Tomasz Krywan, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego 
Odpowiedzi udzielono 23 stycznia 2015 r.