Podatnik (osoba prawna prowadząca działalność gospodarczą) w 2008 r. zakupił dwie nieruchomości znajdujące się pod dwoma różnymi adresami. Podatnik w deklaracji wykazał budynki, grunt oznaczony w ewidencji gruntów jako B - tereny mieszkalne jako związane z prowadzoną działalnością gospodarczą. Również pozostałą część gruntu stanowiącą użytki rolne (S-RIV) wykazał jako zajętą na działalność gospodarczą. Drugą nieruchomość wykazał w deklaracji następująco: budynek –opodatkował stawką jak za pozostałe z uwagi na zły stan techniczny, natomiast grunt pod tym budynkiem oznaczony w ewidencji gruntów jako użytki rolne (0,0478 ha B-Ł IV) związany z prowadzoną działalnością gospodarczą. Organ podatkowy w 2008 r. nie zakwestionował tej deklaracji. Pod koniec 2009 r. podatnik złożył korektę deklaracji na rok 2008. Organ podatkowy nie zgodził się z tą korektą i wszczął postępowanie w sprawie określenia podatku od nieruchomości za 2008 r. Podstawę opodatkowania stanowiły dane wykazane przez podatnika w deklaracji na 2008 r., tj. opodatkowano pierwszą nieruchomość jako związaną w przypadku budynków oraz zajętą w przypadku gruntów z prowadzoną działalnością gospodarczą; natomiast w przypadku drugiej nieruchomości – budynki jako pozostałe, a grunt zajęty na działalność gospodarczą. Po odwołaniu podatnika SKO uchyliło decyzję wskazując jako uchybienia okoliczność, że organ podatkowy opodatkował budynek, stawką jak za budynki pozostałe a grunt pod budynkiem opodatkował jako zajęty na działalność gospodarczą. Nie zbadał, czy w przypadku pierwszej nieruchomości, której część gruntu stanowi użytki rolne, faktycznie została ona zajęta na działalność gospodarczą (mimo, że to podatnik sam ją tak zadeklarował w deklaracji).
Czy organ podatkowy ponownie rozpatrując sprawę powinien opodatkować grunt należący do drugiej nieruchomości podatkiem rolnym skoro nie zakwestionował w deklaracji opodatkowania budynku stojącego na tym gruncie jako opodatkowanego stawką ja za budynki pozostałe?
Przedmiotem toczącego się postępowania są zobowiązania w podatku od nieruchomości. Organ podatkowy może badać, czy dany grunt podlega opodatkowaniu tym podatkiem.

Nie wydaje się natomiast dopuszczalne orzekanie o wysokości podatku rolnego w ramach już wszczętego postępowania. Wysokość zobowiązań w podatku rolnym nie jest bowiem jego przedmiotem.

Organ może później wszcząć odrębne postępowanie wymiarowe w przedmiocie wymiaru podatku rolnego (za przedmiotowy grunt).
Zgodnie z przepisami ustawy z dnia 15 listopada 1984 r. o podatku rolnym (tekst jedn.: Dz. U. z 2006 r. Nr 136, poz. 969 z późn. zm.) opodatkowaniu podatkiem rolnym podlegają grunty sklasyfikowane w ewidencji gruntów i budynków jako użytki rolne lub jako grunty zadrzewione i zakrzewione na użytkach rolnych, z wyjątkiem gruntów zajętych na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż działalność rolnicza.

Grunty rolne (sklasyfikowane w ewidencji jako grunty rolne) podlegają więc opodatkowaniu podatkiem rolnym, wówczas gdy nie są zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż działalność rolnicza.

Zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2006 r. Nr 121, poz. 844 z późn. zm.) - dalej u.p.o.l. opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty. Co prawda przepis art. 2 ust. 2 u.p.o.l. stanowi, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości nie podlegają użytki rolne, grunty zadrzewione i zakrzewione na użytkach rolnych lub lasy, z wyjątkiem zajętych na prowadzenie działalności gospodarczej. Z art. 1a ust. 3 u.p.o.l. wynika, że o klasyfikacji gruntu dla celów podatku od nieruchomości decyduje jego klasyfikacja w ewidencji gruntów i budynków.

Nie ma znaczenia jego klasyfikacja w ewidencji gruntów i budynków, lecz faktyczne wykorzystywanie dla celów działalności.

Zobowiązania zarówno w podatku rolnym, jak i w podatku od nieruchomości – w przypadku osób prawnych – powstają wskutek samoobliczenia (z mocy prawa).

Zgodnie z przepisami art. 21 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) - dalej o.p., jeśli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje z mocy prawa, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty. Dopóki zatem istnieje (nie została zakwestionowana) deklaracja podatkowa, to podatek z niej wynikający jest podatkiem do zapłaty.

Przepis art. 21 § 3 o.p. stanowi, że jeśli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.

Organ podatkowy ma zatem generalne prawo zakwestionowania wysokości zobowiązań podatkowych wynikających z deklaracji. Może również przyjąć, że podatnik nie złożył deklaracji właściwej – tj. deklaracji na podatek rolny – i określić wysokość zobowiązania podatkowego w tym podatku.

Przedmiotem toczącego się postępowania są zobowiązania w podatku od nieruchomości. Organ podatkowy może badać, czy dany grunt (ten, co do którego SKO wskazuje na możliwość, iż nie podlega on w ogóle podatkowi od nieruchomości) podlega opodatkowaniu tym podatkiem. Można – a mając na uwadze "wytyk" SKO nawet należy – sprawdzić, czy grunt, o którym mowa, podlega podatkowi od nieruchomości, czy też jako grunt rolny faktycznie nie zajęty na prowadzenie działalności gospodarczej podatkowi temu nie podlega.

Nie wydaje się natomiast dopuszczalne orzekanie o wysokości podatku rolnego w ramach już wszczętego postępowania. Wysokość zobowiązań w podatku rolnym nie jest bowiem jego przedmiotem.

Jeśli w toku toczącego się postępowania organ podatkowy dojdzie do przekonania, że przedmiotowy grunt nie podlega podatkowi od nieruchomości (i znajdzie to wyraz w decyzji), to wówczas może wszcząć postępowanie w przedmiocie wymiaru podatku rolnego.