W zasadzie obowiązki ale i uprawnienia biura rachunkowego uzależnione są z jednej strony od tego kto takie biuro prowadzi (biegły rewident, doradca podatkowy czy np. osoba posiadająca wyłącznie certyfikat MF) z drugiej zaś strony od treści umowy o prowadzenie ksiąg zawartej pomiędzy biurem a klientem. Zgodnie bowiem z ustawą o doradztwie podatkowym z dnia 5 lipca 1996 r. (Dz. U. z 2008 r. Nr 73, poz. 443 z późn. zm.), czynności doradztwa podatkowego, do których uprawnieni są doradcy podatkowi, biegli rewidenci, adwokaci i radcowie prawni obejmują:

  1. udzielanie podatnikom, płatnikom i inkasentom, na ich zlecenie lub na ich rzecz, porad, opinii i wyjaśnień z zakresu ich obowiązków podatkowych,
  2. prowadzenie, w imieniu i na rzecz podatników, płatników i inkasentów, ksiąg podatkowych i innych ewidencji do celów podatkowych oraz udzielanie im pomocy w tym zakresie,
  3. sporządzanie, w imieniu i na rzecz podatników, płatników i inkasentów, zeznań i deklaracji podatkowych lub udzielanie im pomocy w tym zakresie.

Do świadczenia tych czynności zgodnie z ww. ustawą uprawnione są wyłącznie osoby fizyczne wpisane na listę doradców podatkowych, biegli rewidenci, adwokaci i radcowie prawni. Z kolei w myśl art. 76a ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (tekst jedn.: Dz. U. z 2009 r. Nr 152, poz. 1223 z późn. zm.) - dalej u.o.r., przedsiębiorcy, wykonujący działalność z zakresu usługowego prowadzenia ksiąg rachunkowych, są uprawnieni do wykonywania działalności polegającej na świadczeniu usług w zakresie czynności, o których mowa w art. 4 ust. 3 pkt 2-6 ustawy o rachunkowości oraz czynności doradztwa podatkowego opisanych wyżej w punktach 2 i 3. Zgodnie więc z dyspozycją art. 4 ust. 3 pkt 2-6 u.o.r. rachunkowość jednostki obejmuje:

  • prowadzenie, na podstawie dowodów księgowych, ksiąg rachunkowych, ujmujących zapisy zdarzeń w porządku chronologicznym i systematycznym;
  • okresowe ustalanie lub sprawdzanie drogą inwentaryzacji rzeczywistego stanu aktywów i pasywów;
  • wycenę aktywów i pasywów oraz ustalanie wyniku finansowego;
  • sporządzanie sprawozdań finansowych;
  • gromadzenie i przechowywanie dowodów księgowych oraz pozostałej dokumentacji przewidzianej ustawą;

Osoby uprawnione do wykonywania czynności z zakresu usługowego prowadzenia ksiąg rachunkowych na podstawie certyfikatu księgowego mogą zatem świadczyć czynności doradztwa podatkowego jedynie w zawężonym zakresie określonym w art. 76a ust. 2 ustawy o rachunkowości. Nie mogą udzielać porad, opinii i wyjaśnień z zakresu obowiązków podatkowych.
W związku z powyższym zakładając iż mamy do czynienia z biurem rachunkowym działającym w "pełnym" zakresie czyli wykonującym także czynności doradztwa podatkowego, obowiązki spoczywające na biurze w relacji tak z klientem jak i organami podatkowymi, ZUS itd. będą wynikać z przytoczonych powyżej przepisów prawa a wprost z postanowienia umowy. Oczywiście niezależnie od zapisów umowy w każdym przypadku sporządzenia zestawień czy wydruków z PKPiR czy innych ewidencji np. środków trwałych, wyposażenia czy dokumentów potwierdzających np. koszty wynagrodzeń czy rozliczeń podatkowych klienta, biuro winno takie dokumenty uwiarygodnić poprzez podpis osoby działającej z upoważnienia biura. Oczywiście sporządzanie dodatkowych zestawień, opracowań np. dla celów bankowych itp. może odbywać się odpłatnie lub nie w zależności od zapisów umowy czy oferty danego biura. W przypadku jednak podpisywania w imieniu podatnika (klienta) deklaracji podatkowych czy sporządzania zeznań rocznych a zwłaszcza gdy biuro rachunkowe reprezentuje klienta przed organami skarbowymi czy ZUS wymagane jest zawarcie stosownego upoważnienia, a koszt realizacji takich usług jest wkalkulowany w koszt obsługi podmiotu gospodarczego lub dla takich czynności strony ustalają w umowie odrębne cenniki. Reasumując biuro rachunkowe wydajać klientowi zestawienia będące odzwierciedleniem zapisów w PKPiR w każdym przypadku winno uwiarygodniać taki dokumenty podpisem pracownika lub właściciela biura. W przypadku deklaracji podatkowych, biuro może je podpisywać i składać w US czy ZUS w imieniu klienta tylko w przypadku posiadania upoważnienia (pełnomocnictwa) na piśmie którego kopie złożono w US czy ZUS. Kwestia zasad odpłatności za czynności doradztwa podatkowego (w tym pełnomocnictwo czy sporządzanie i podpisywanie deklaracji) czy dodatkowe czynności np. odpisy z PKPiR czy innych ewidencji jest już odrębnym zagadnieniem.