Protokół został przygotowany w oparciu o aktualną wersję Modelowej Konwencji OECD w sprawie podatku od dochodu i majątku. Ma przede wszystkim na celu usunięcie z umowy zapisów wykorzystywanych do unikania i uchylania się od opodatkowania.
Zapisy dotyczące tax sparingu pozwalają na zaliczenie na poczet należnego podatku dochodowego, podatku, który tylko w teorii miałby zostać zapłacony, jednakże z powodu ulg podatkowych został objęty zwolnieniem. Zapis ten jest obecnie powszechnie wykorzystywany przez polskich podatników w celu obejścia prawa podatkowego i zmniejszenia wysokości podatku od otrzymywanych dywidend.
Ponadto, dla dwóch dodatkowych kategorii dochodów, tj. dochodów przedsiębiorstw oraz zysków z przeniesienia własności majątku, przewidziano tzw. metodę odliczenia proporcjonalnego, jako właściwą do uniknięcia podwójnego opodatkowania. Zastosowanie tej metody, zamiast metody wyłączenia z progresją, w przypadku zysków przedsiębiorstw, umożliwi rozliczenie strat ponoszonych przez zakład polskiego przedsiębiorstwa, usytuowany na Cyprze, a w odniesieniu do zysków z przeniesienia własności majątku ma na celu przeciwdziałanie zmianom charakteru uzyskiwanego dochodu w celu uzyskania korzystniejszego wyniku podatkowego.
Protokół obniża do 5 proc. stawkę podatku pobieranego u źródła od dywidend i od odsetek i wprowadza klauzulę "beneficial owner", której przeznaczeniem jest ograniczenie korzyści umownych do osób uprawnionych, tj. mających miejsce zamieszkania w drugim umawiającym się państwie.
Wprowadzono także zmianę zapisu dotyczącego wynagrodzeń otrzymywanych z tytułu zasiadania w zarządzie bądź radzie nadzorczej spółki. Przepis ten wykorzystywany jest przez polskich rezydentów w celu uniknięcia opodatkowania w Polsce, poprzez tworzenie fikcyjnych struktur na Cyprze. Zgodnie z tą zmianą, osoba mająca miejsce zamieszkania w Polsce, osiągająca dochód z tytułu członkostwa w zarządzie spółki cypryjskiej, podlega opodatkowaniu wyłącznie w Polsce. Analogiczna zasada znajduje zastosowanie w odniesieniu do rezydentów cypryjskich.