Zgodnie z projektem rozporządzenia zmieniającego uchylony zostanie przepis, który zwalnia od podatku VAT usługi świadczone pomiędzy jednostkami budżetowymi, samorządowymi zakładami budżetowymi oraz jednostkami budżetowymi i samorządowymi zakładami budżetowymi danej jednostki samorządu terytorialnego (JST).
Po centralizacji rozliczeń samorządowe jednostki budżetowe, jak i samorządowe zakłady budżetowe nie będą posiadały statusu odrębnego od jednostki organizacyjnej, które je utworzyła, podatnika podatku VAT. Usługi świadczone pomiędzy nimi, jako czynności o charakterze wewnętrznym, nie będą podlegały opodatkowaniu podatkiem VAT. Tym samym przepis rozporządzenia w zakresie zwolnienia od tego podatku usług świadczonych pomiędzy jednostkami organizacyjnymi tej samej JST jest bezprzedmiotowy i powinien zostać uchylony.
Proponuje się także uchylenie ww. przepisu rozporządzenia w zakresie, w jakim dotyczy usług świadczonych pomiędzy państwowymi jednostkami budżetowymi, jako nieznajdującego uzasadnienia w prawie unijnym.
Projektowane rozporządzenie wejdzie w życie 1 stycznia 2017 r. przewiduje jednak możliwość korzystania w dalszym ciągu ze zwolnienia od podatku VAT w przypadku usług świadczonych pomiędzy państwowymi jednostkami budżetowymi nie dłużej jednak niż do 31 marca 2017 r.
