Szpital istnieje od 1917 roku. Jego budowała rozpoczęła się 3 lata wcześniej, jednak przerwał ją wybuch I wojny światowej. Przez lata wielokrotnie zmieniał swoją nazwę – początkowo były to Miejskie Zakłady Sanitarne, w których ulokowano: sanatorium szkarlatynowe, sanatorium gruźlicze oraz laboratorium bakteriologiczne. Swoją obecną nazwę zyskał dopiero w 1990 roku.
Pierwsze cewnikowanie serca wykonano tu w 1957 roku, rok później - pierwszą operację na otwartym sercu. Kluczowy był 2005 rok – kiedy to w tutejszym Oddziale Klinicznym Chirurgii Serca, Naczyń i Transplantologii wykonano pierwszą na świecie operację wszczepienia bezszwowej zastawki aortalnej. Sukces krakowskich chirurgów odbił się szerokim echem w branży kardiochirurgicznej.
[-DOKUMENT_HTML-]
Natomiast w 2008 roku specjalistom ze szpitala Jana Pawła II udało się dokonać kolejnego przełomu – jako pierwsi w Polsce wymienili zastawkę aortalną serca metodą przezskórną, czyli bez otwierania klatki piersiowej. Natomiast w 2016 roku w oddziale klinicznym elektrokardiologii wszczepiono najmniejsze na świecie stymulatory serca Micra TPS.
Ostatnie lata szpitala to także czas ogromnych inwestycji. Zmodernizowano i rozbudowano budynek mieszczący Oddział Kliniczny Chorób Serca i Naczyń oraz Oddział Kliniczny Elektrokardiologii z 2 salami zabiegowymi, utworzono Małopolskie Centralne Laboratorium Diagnostyki Prątka Gruźlicy, a w zmodernizowanej części pawilonu m V zaczęły działać między innymi: oddział chorób cywilizacyjnych płuc, pracownia badań genetycznych czy pracownia innowacyjnych zastosowań komórek macierzystych. Od 2012 roku w szpitalu działa również innowacyjna poradnia leczenia otyłości.
Źródło: www.malopolska.pl