Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 24 maja 2010 r. uznał, że niezależnie od tego czy pracownik faktycznie korzysta ze świadczeń czy nie, już wykupienie abonamentu i pozostawanie opieki do dyspozycji stanowi przychód podlegający opodatkowaniu. Przed podjęciem uchwały sprawa ta była sporna i ostatecznie decyzje indywidualnie podejmowali dyrektorzy izb skarbowych. Jednak od około roku zauważalna była korzystna dla pracowników linia orzecznicza wojewódzkich sądów administracyjnych w tym zakresie.
Zdaniem organizacji zrzeszających pracodawców, uchwała powoduje, ze w trudnej sytuacji znajdują się przedsiębiorcy, którzy w ostatnich latach wykupywali dla swoich pracowników abonamenty. Będą oni zobowiązani do ponownego obliczenia wysokości wynagrodzenia pracowników i naliczenia należnego podatku od tej kwoty. Będą zmuszeni do skorygowania druków PIT – 11 za ostatnie pięć lat, a następnie potrącić wartość zaległego podatku z wynagrodzenia pracowników. W przypadku, gdy pracownik, nie jest już stosunku pracy z byłym pracodawcą od którego pozyskiwał nieodpłatne świadczenia w formie abonamentu medycznego, powstanie trudność z odzyskaniem nie naliczonego podatku. Podobna sytuacja będzie miała miejsce w przypadku naliczania wysokości składek na ubezpieczenia społeczne. W tym przypadku okres przeterminowania należności wynosi aż 10 lat. Uchwała ta spowoduje znaczne, skumulowane w krótkim okresie kosztów i obowiązków administracyjnych dla pracodawców. Będą oni zobowiązani ponieść koszty zaległego podatku.
Zdaniem Pracodawców RP (dawniej Konfederacja Pracodawców Polskich) uchwała NSA może również spowodować, że pracodawcy nie będą tak chętnie jak dzisiaj kupować abonamentów medycznych dla swoich pracowników. Z badania Diagnoza Społeczna 2009 wynika, że już aż 9,5 proc. pracowników korzysta z abonamentów opłacanych przez pracodawcę. Wnioskuje się, że osoby te nie korzystają z publicznej Podstawowej Opieki Zdrowotnej, dzięki czemu znacznie zmniejszają liczbę osób oczekujących na wizytę. Pracodawcy uważają, że to właśnie prywatne firmy oferujące abonamenty przyczyniły się do istotnej poprawy dostępności do opieki pierwszego kontaktu i opieki specjalistycznej. - - Naszym zdaniem w tej sytuacji trzeba znaleźć kompromisowe rozwiązanie, które umożliwi dalszy rozwój abonamentów medycznych, dzięki czemu odciążany jest publiczny płatnik – powiedział ekspert Pracodawców RP, Grzegorz Byszewski. W związku z tym Pracodawcy RP zwrócili się do ministra finansów Jana Rostowskiego z prośbą o wydanie rozporządzenia w sprawie zaniechania ściągnięcia podatku w całości za okres do daty wydania uchwały.
Z podobnym apelem do szefa resortu finansów oraz do ministra pracy i polityki społecznej wystąpiła wcześniej także Polska Konfederacja Pracodawców Prywatnych Lewiatan.
Zdaniem autorów tego dokumentu, następstwa uchwały NSA uzasadniają podjęcie odpowiednich kroków. Płatnicy i podatnicy działający w oparciu o zasadę zaufania do organów podatkowych nie powinni ponosić negatywnych konsekwencji dotychczasowej niejednolitości orzecznictwa spowodowanej niedokładnościami w procesie legislacyjnym. Przemawia za tym zarówno uzasadniony interes publiczny jak również ważny interes podatników – pracowników. - W związku z powyższym PKPP Lewiatan zwraca się z zapytaniem czy Ministerstwo Finansów zamierza podjąć stosowne kroki w tym celu. Jednym z możliwych rozwiązań jest skorzystanie z kompetencji przewidzianych w art. 22 § 1 Ordynacji podatkowej i wydanie rozporządzenia o zaniechaniu poboru podatku dochodowego od osób fizycznych z tytułu objęcia pracowników pakietem medycznym. Alternatywnie, możliwe jest przygotowanie stosownej ustawy abolicyjnej (z możliwością wprowadzenia warunku abolicyjnego). Jej skutki finansowe powinny być znacząco niższe niż poprzednich aktów o podobnym charakterze - napisano w apelu do ministrów.
Uważamy, że skala problemu związana z wyliczeniem zaległości podatkowych oraz dokonaniem bardzo dużej liczby korekt dokumentów podatkowych, w tym korekt deklaracji rocznych podatników, obliguje władzę publiczną do przedstawienia propozycji rozwiązania zaistniałego problemu. Jednocześnie apelujemy po raz kolejny o podjęcie niezwłocznych działań związanych z kompleksową reformą przepisów o podatkach dochodowych - można przeczytać w apelu PKPP Lewiatan do ministrów finansów i pracy.