Dla realizacji celów organów kontrolnych, ustawodawca przewidział określone uprawnienia i obowiązki zarówno po stronie kontrolowanego, jak i kontrolujących. Są one ze sobą wzajemnie skorelowane, tj. uprawnienia kontrolowanego wiążą się z istnieniem określonych obowiązków po stronie kontrolujących, natomiast uprawnienia kontrolujących wyznaczają obowiązki kontrolowanego.

Jeżeli chodzi o obowiązki podatnika, ma on przede wszystkim obowiązek poddania się czynnościom urzędowym, jeżeli te wynikają bezpośrednio z przepisów prawa, czyli w naszym przypadku - z ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) - dalej o.p.

Należy bowiem zauważyć, że kontrolowany oraz osoby z nim współdziałające są obowiązane umożliwić kontrolującemu przeprowadzenie czynności kontrolnych, podejmowanych w celu dokonania ustaleń związanych z zakresem kontroli wynikającym z upoważnienia do przeprowadzenia kontroli (art. 287 § 1 o.p.). W szczególności, kontrolowany ma obowiązek udostępniania akt, ksiąg i wszelkiego rodzaju dokumentów związanych z przedmiotem kontroli oraz do sporządzania z nich odpisów, kopii, wyciągów, notatek, wydruków i udokumentowanego pobierania danych w formie elektronicznej, a także innych niezbędnych materiałów w zakresie objętym kontrolą (art. 286 § 1 pkt 4 i 5 o.p.) albo - w trybie tzw. czynności krzyżowych - udostępniania dokumentów (art. 274c o.p.).

Z przepisów tych nie wynika, aby to na kontrolowanym lub innym podmiocie poddanym czynnościom urzędowym, ciążył obowiązek kserowania dokumentacji. Ma on wyłącznie obowiązek udostępnienia dokumentacji do ksero.

Należy przy tym podkreślić, że nie ma powodu, aby kosztami działania administracji państwowej obciążać kontrolowanego (poza sytuacjami wyraźnie określonymi przez ustawodawcę, z którymi w tym przypadku nie mamy do czynienia - art. 264 i nast. o.p.). Należy również zauważyć, że jeśli to kontrolowany chciałby ksero dokumentów znajdujących się w posiadaniu organu kontrolnego, sam musiałby za to zapłacić (art. 267 § 1 pkt 3 o.p.). Jeżeli tego rodzaju żądania zostały jednak do kontrolowanego skierowane, są one pozaprawne i ich brak realizacji nie rodzi dla niego negatywnych konsekwencji prawnych.

Kontrolowany może jednak z własnej woli przekazać kontrolującym dokumenty w formie zeskanowanej. Kontrolujący mają obowiązek je przyjąć, bowiem dowodem jest wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem (art. 180 § 1 o.p.).