W przedmiotowej sprawie wykonawca realizuje zlecone prace budowlane przy udziale podwykonawców. Swoje roszczenia wobec podwykonawców zabezpiecza tzw. kaucją gwarancyjną sprowadzającą się do zatrzymania 5 proc. wynagrodzenia brutto należnego dla podwykonawcy. Kaucja może zostać przeznaczona na poczet kosztów związanych z usunięciem nienależytego wykonania usługi budowlanej przez podwykonawcę.

Sąd w sprawie miał rozstrzygnąć, czy wykonawca ma obowiązek dokonania korekty podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących nabycie od podwykonawców usług budowlanych, w sytuacji, gdy część należności wynikających z tych faktur została zatrzymana na okres trzech lub pięciu lat na poczet tzw. kaucji gwarancyjnej. Kwestią sporną było również prawo wykonawcy do dokonania korekty podatku należnego w przypadku zatrzymania przez inwestora lub generalnego wykonawcę części należności za sprzedane usługi budowlane na poczet tzw. kaucji gwarancyjnej.

Sąd przypomniał, że nowe zasady stosowania tzw. ulgi na złe długi mają zastosowanie do wierzytelności, które powstaną od dnia 1 stycznia 2013 r. oraz do wierzytelności powstałych przed tą datą, których nieściągalność została uprawdopodobniona już w 2013 r., tj. w 2013 r. upłynął 150 dzień od dnia upływu terminu ich płatności. Tym samym tylko w takich sytuacjach dłużnik (podatnik) jest zobowiązany do dokonania obowiązkowej korekty podatku naliczonego niezależnie od zachowania wierzyciela, a więc obowiązek dokonania korekty ciąży na dłużniku niezależnie od faktu, czy jego wierzyciel skorzystał z ulgi na złe długi, czy też nie.

Możliwość zastosowania tych regulacji w niniejszej sprawie zasadniczo zależało zatem od stwierdzenia, czy wykonawca uregulował w odpowiednim terminie należności wynikające z faktur dokumentujących nabycie od podwykonawców usług budowlanych, jak też odpowiednio, czy inwestor lub generalny wykonawca uregulował we wskazanym terminie wierzytelność wynikającą z faktur dokumentujących nabycie od wykonawcy usług budowlanych. Sąd potwierdził stanowisko organu interpretacyjnego, że w sprawie dochodzi do zapłaty całości należności. Skoro wykonawca wskazał, że "zapłata" tzw. kaucji gwarancyjnej polega na zatrzymaniu przez zamawiającego części wynagrodzenia należnego dla wykonawcy, organ był uprawniony do przyjęcia, że obie należności zostały w całości uregulowane (zgodnie z art. 498 § 2 k.c.). Kwoty należności (wierzytelności) objętej potrąceniem nie można bowiem uznać w tym zakresie za kwotę nieuregulowaną. Skoro następuje wzajemne potrącenie należności (kompensata), zatem zostają one uregulowane. Późniejszy zwrot kwoty kaucji gwarancyjnej nie ma znaczenia w kontekście ustalenia, czy doszło do zapłaty należności zasadniczej. W konsekwencji, do tej części zatrzymanego wynagrodzenia nie znajdują zastosowania regulacje zawarte w art. 89a i art. 89b ustawy o VAT. Wykonawca nie ma zatem prawa do korekty podatku należnego, ani odpowiednio obowiązku korekty podatku naliczonego w przewidzianych w tych przepisach terminach.

Wyrok WSA w Białymstoku z 20 listopada 2013 r., I SA/Bk 376/13