Tak wynika z interpretacji indywidualnej Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 21 sierpnia 2014 r.
W sprawie do fiskusa zwróciła się spółka, która prowadzi na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE) działalność zwolnioną z podatku dochodowego od osób prawnych w oparciu o dwa zezwolenia. Zezwolenia wydane zostały odpowiednio w 2000 r., oraz 2014 r. Zakresy działalności określonych w zezwoleniach są tożsame w zakresie działalności operacyjnej prowadzonej na terenie SSE przez Spółkę. Spółka chciała potwierdzić swoje stanowisko, że w takiej sytuacji nie ma obowiązku prowadzenia ewidencji rachunkowej odrębnie dla każdego z zezwoleń.
I fiskus potwierdził, że nie ma takiego obowiązku. Fiskus wskazał, że przepisy dotyczące SSE i przepisy dotyczące CIT nie zawierają regulacji odnoszących się do sytuacji posiadania przez jeden podmiot kilku zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE. W szczególności, nie przewidują one obowiązku prowadzenia odrębnych ksiąg rachunkowych dla potrzeb rozliczeń związanych z poszczególnymi zezwoleniami strefowymi, w tym z poszczególnymi projektami realizowanymi w ramach tych zezwoleń. Niemniej jednak, prowadząc ewidencję rachunkową, spółka powinna zapewnić możliwość ustalenia wartości wykorzystanej w ramach zezwoleń pomocy publicznej. Spółka powinna mieć przy tym na względzie, że każde z uzyskanych przez nią zezwoleń zostało wydane w odrębnym stanie prawnym, wskutek czego istnieją odrębności w zasadach korzystania przez spółkę ze zwolnienia od podatku dochodowego dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie strefy na podstawie poszczególnych zezwoleń.
Innymi słowy, prowadzenie przez spółkę działalności gospodarczej na terenie SSE, w oparciu o dwa zezwolenia, nie skutkuje po jej stronie obowiązkiem prowadzenia ewidencji rachunkowej „odrębnie dla każdego z tych zezwoleń”. Ewidencja powinna być jednak prowadzona z zachowaniem wymogów określonych w art. 9 ust. 1 ustawy o CIT, tj. w sposób umożliwiający realizację obowiązków podatkowych spółki, jako podatnika podatku dochodowego, w szczególności prawidłowe określenie dochodu (straty) z działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń oraz podstawy opodatkowania.
Interpretacja indywidualna Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 21 sierpnia 2014 r., sygn. akt ITPB3/423-228a/14/PST, LEX nr 239303
Omówienie pochodzi z programu Vademecum Głównego Księgowego