Było to kolejne orzeczenie Sądu Apelacyjnego w tej sprawie. W marcu 2010 r. Sąd Okręgowy zdecydował, że Skarb Państwa ma zapłacić 38,5 mln zł odszkodowania, ale pełnomocnicy firmy MCI złożyli odwołanie od tego wyroku.
W kwietniu 2011 r. Sąd Apelacyjny zdecydował, że MCI ma otrzymać od Skarbu Państwa blisko 29 mln zł odszkodowania plus odsetki ustawowe od 8 czerwca 2006 r. do dnia zapłaty, jednak w wyniku wniesionej skargi kasacyjnej sprawa trafiła do Sądu Najwyższego, który w listopadzie 2011 r. skierował ją do ponownego rozpoznania.
Jak powiedziała PAP rzeczniczka Sądu Apelacyjnego Małgorzata Lamparska, wina Skarbu Państwa nie była poddawana pod dyskusję, a SN potwierdził zasadność występowania z wnioskiem o odszkodowanie, którego wysokość pozostawiona została do rozstrzygnięcia wrocławskiemu Sądowi Apelacyjnemu.
Sąd zdecydował, że Skarb Państwa musi zapłacić firmie MCI blisko 29 mln zł odszkodowania plus odsetki ustawowe od 8 czerwca 2006 r. do dnia zapłaty, w sumie ok. 50 mln zł. - Wyrok różni się od tego wydanego w kwietniu 2011 r. jedynie wysokością odszkodowania, które obecnie jest o ok. 80 tys. niższe - mówiła Lamparska.
Firma JTT ogłosiła upadłość w 2004 r., bowiem pod koniec lat 90. w wyniku kontroli skarbowej urzędnicy zajęli ok. 10 mln zł na poczet niezapłaconego przez spółkę podatku VAT. Organy ścigania i Urząd Skarbowy zarzucili kierownictwu JTT Computer "obchodzenie prawa podatkowego" w celu uniknięcia płacenia podatku VAT. Ówczesny rzecznik policji miał nawet powiedzieć o szefach JTT, że "to złodzieje w białych kołnierzykach.
Chodziło o dostarczenie przez JTT 15 tys. komputerów do szkół w 1998 r. Umowy wymagały od spółki dostarczenia komputerów do składu celnego, czyli ich wyeksportowania za granicę. Zgodnie z obowiązującymi wówczas przepisami, komputery dla szkół sprowadzone z zagranicy były zwolnione z podatku VAT. Sposób dostarczania komputerów do szkół był znany MEN.
Ostatecznie wrocławski sąd odwoławczy w styczniu 2004 r. uniewinnił b. kierownictwo JTT Computer S.A. Sąd uznał, że działanie oskarżonych: b. prezesa, b. dyrektora finansowego i głównej księgowej "nie zawierało znamion czynu zabronionego". Tym samym sąd uwzględnił apelację oskarżonych, a odrzucił zażalenie prokuratury.
Natomiast rok wcześniej, w 2003 r., Naczelny Sąd Administracyjny we Wrocławiu zdecydował, że Izba Skarbowa winna oddać JTT Computer S.A. niesłusznie naliczony podatek VAT. Jak uzasadniał wtedy sędzia, nieprawidłowe było rozstrzygnięcie izby co do opodatkowania sprzedaży przez JTT sprzętu komputerowego, po wprowadzeniu go na teren Polski. Mimo decyzji NSA, Izba Skarbowa nie zwróciła wtedy podatku VAT JTT Computer S.A. Zdaniem ówczesnego rzecznika JTT Błażeja Miernikiewicza, właśnie ten spór doprowadził spółkę do ruiny, bowiem mocno nadwerężył zaufanie do kierownictwa spółki.
- JTT Computer S.A. produkowała 74 tys. komputerów i odprowadzała do budżetu ponad 70 mln zł podatku VAT. Dawała zatrudnienie 400 osobom. W 1999 roku analitycy domów maklerskich szacowali wartość spółki na 70 mln zł. Dzisiaj wartość spółki jest praktycznie zerowa - mówił wtedy PAP Miernikiewicz.
Tłumaczył wówczas, że firma już złożyła do sądu wniosek o upadłość, a jedyną szansą dla spółki jest szybki zwrot podatku VAT od Izby Skarbowej. - Mamy już nawet gotowy biznes plan. Czekamy tylko na pieniądze z Izby, która oddaje je nam od kilku miesięcy - mówił Miernikiewicz. Ostatecznie JTT ogłosiła upadłość w 2004 r.