W przedmiotowej sprawie kwestią sporną było zwolnienie z PIT wynagrodzenia pracownika urzędu wojewódzkiego, zatrudnionego przy realizacji projektu związanego z wdrażaniem Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego, w części współfinansowanej z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRR). Projekt realizowano w ramach Priorytetu 4 Pomoc Techniczna ZPORR "Działania 4.1. - Wsparcie procesu wdrażania ZPORR - wydatki limitowane", obejmującego w szczególności wsparcie w zakresie zatrudnienia pracowników wypełniających ściśle określone zadania związane z zarządzaniem, wdrażaniem, monitorowaniem i kontrolą ZPORR.

Zdaniem pracownika urzędu jego wynagrodzenie, jako osoby bezpośrednio realizującej cel programu pomocowego, jakim było wdrażanie ZPORR, w części finansowej z funduszy unijnych (pomocy bezzwrotnej), podlega zwolnieniu z podatku w myśl art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT. Zdaniem fiskusa jednak otrzymywane w ten sposób wynagrodzenie nie podlega zwolnieniu z podatku na podstawie wskazanego programu bowiem beneficjentem tych środków był urząd wojewódzki, a pracownik jedynie wykonywał zlecone mu, w ramach umowy o pracę, przez ten urząd, czynności związane z programem pomocowym.

Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Sąd podzielił pogląd fiskusa, że pracownik urzędu wojewódzkiego nie jest podatnikiem bezpośrednio realizującym cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Za takiego podatnika można bowiem uznać wyłącznie osobę, która wykonując czynności z tym programem związane, otrzymała na ten cel środki od podmiotu wymienionego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT, a więc jest bezpośrednim beneficjentem tych środków. Stąd środki pieniężne będące przychodami podlegają zwolnieniu z opodatkowania, jeżeli są przychodami beneficjenta lub bezpośredniego wykonawcy. Nie są natomiast zwolnione przychody pracowników czy osób zatrudnionych na podstawie umowy cywilnoprawnej tychże podmiotów. Osoby te otrzymują wynagrodzenia za pracę, która z natury swej jest uniezależniona od rodzaju wykonywanej przez zatrudniającego działalności oraz źródeł jej finansowania (np. środki własne, kredyt lub inne środki obce, w tym pomocowe).

Zdaniem sądu pracownik urzędu nie odpowiadał w sensie finansowym i techniczno - organizacyjnym za realizację programu pomocowego, a wykonywał zadania powierzone (zlecone) mu przez pracodawcę realizującego tenże projekt. Dlatego też według sądu spełniona została przesłanka negatywna, określona w art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. b ustawy o PIT, wykluczająca możliwość zwolnienia jego dochodów od podatku.

Wyrok NSA z 28 marca 2013 r., II FSK 1557/11