Spór w przedmiotowej sprawie sprowadzał się do udzielenia odpowiedzi na pytanie czy spółka komandytowa będąca następcą prawnym przekształconej spółki z o. o. zobowiązana będzie do zapłaty PCC w związku z transakcją przekształcenia.

Zdaniem spółki nie będzie ona zobowiązana do zapłaty PCC, ponieważ spółka przekształcona otrzyma taki sam majątek, jak miała spółka przekształcana. Według spółki sam fakt przekształcenia nie będzie w tym przypadku prowadził do zwiększenia majątku spółki komandytowej. Tym samym nie dojdzie do podwyższenia podstawy opodatkowania w rozumieniu art. 1 ust. 3 pkt 3 ustawy o PCC.

Jednak według fiskusa jeżeli dojdzie do przekształcenia spółki i zwiększenia majątku spółki przekształconej, w konsekwencji uwzględnienia w majątku spółki osobowej zysków spółki przekształcanej, w PCC powstanie obowiązek podatkowy. Podstawę opodatkowania, zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f ustawy o PCC, będzie stanowiła wartość wkładów do spółki osobowej powstałej w wyniku przekształcenia, przy czym zwolnieniu będzie podlegała część wkładu odpowiadająca opodatkowanemu wcześniej kapitałowi zakładowemu w spółce przekształcanej.

Sprawa trafiła do WSA w Bydgoszczy. Zdaniem sądu opodatkowaniu PCC podlega różnica pomiędzy wartością majątku wniesionego do spółki komandytowej a wysokością opodatkowanego uprzednio kapitału zakładowego spółki z o.o. Za podstawę do powyższego twierdzenia WSA wskazał przede wszystkim treść regulacji dotyczących zwolnienia podatkowego, ustalenia podstawy opodatkowania, a także zmiany umowy spółki (art. 9 pkt 11 lit. a, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f oraz art. 1 ust. 1 pkt 2 ustawy o PCC).

Zdaniem sądu, gdyby uznać, że przekształcenie nie skutkuje żadnym przysporzeniem majątkowym po stronie spółki osobowej, ze względu na przejęcie struktury kapitałów spółki z o.o., to nie można byłoby pogodzić tego twierdzenia z treścią art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f ustawy o PCC, który jednoznacznie stanowi, że podstawą opodatkowania przy przekształceniu spółki jest wartość wkładów do spółki osobowej, jak również z zapisem art. 1 ust. 3 pkt 3 ustawy o PCC, który przewiduje, że za zmianę umowy spółki uważa się przekształcenie spółki, jeżeli jego wynikiem jest zwiększenie majątku spółki osobowej. Regulacje te byłyby wówczas zbędne, nie zawierałyby żadnej treści normatywnej, nie występowałby bowiem majątek do opodatkowania.

Dlatego też jeżeli wartość wkładów do spółki osobowej, przewyższa kapitał zakładowy spółki przekształcanej, to ta nadwyżka z racji wcześniejszego jej nieopodatkowania podlega PCC. Tym samym uzyskanie przez spółkę komandytową w wyniku przekształcenia w nią spółki z o. o. kapitału zapasowego, niepodzielonego zysku z lat ubiegłych oraz zysku bieżącego spółki kapitałowej, wchodzi w zakres podstawy opodatkowania i podlega opodatkowaniu PCC.

Wyrok WSA w Bydgoszczy z 12 lutego 2013 r., I SA/Bd 2/13