W rozdziale drugim rozporządzenia znalazła się lista towarów i usług, których dostawa i świadczenie może korzystać ze zwolnienia. Regulacje te są kontynuacją dotychczas obowiązujących przepisów. Niektóre zwolnienia, jak np. usług zarządzania dobrowolnymi funduszami emerytalnymi zostały przeniesione do ustawy o VAT.
Zmodyfikowane zostały przepisy dotyczące zwolnień dla dostaw samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych, gdy podatnikom przy ich nabyciu przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w wysokości 50 lub 60 proc., jeżeli pojazdy te stanowiły towary używane w rozumieniu przepisów ustawy o VAT. Wykreślono warunek użytkowania pojazdów przez pół roku.
Przepisy rozporządzenia ministra finansów z 20 grudnia 2013 r. w sprawie zwolnień od podatku od towarów i usług oraz warunków stosowania tych zwolnień (Dz. U. poz. 1722) obowiązują od 1 stycznia 2014 roku.