W przedmiotowej sprawie uchwałą nadzwyczajnego zgromadzenia wspólników postanowiono podwyższyć kapitał zakładowy spółki z 50 tys. zł do 49 mln zł. Podwyższony kapitał zakładowy został w całości pokryty wkładem niepieniężnym w postaci przedsiębiorstwa, prowadzonego przez osobę fizyczną. Notariusz pobrał PCC w kwocie 247 tys. zł stosując stawkę 0,5 proc.
Zdaniem fiskusa notariusz prawidłowo obliczył i pobrał od dokonanej czynności podatek. Zdaniem spółki nie, ponieważ przepisy ustawy o PCC skutkujące opodatkowaniem podwyższenia kapitału zakładowego stoją w sprzeczności z dyrektywą 69/335/EWG. Spółka wniosła więc o stwierdzenie nadpłaty.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Sąd określił, że w zakresie opodatkowania z tytułu podwyższenia kapitału w spółkach kapitałowych, do których zalicza się polska spółka z o. o. zastosowanie mają przepisy dyrektywy Rady 69/335/EWG z 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE L 249, s. 25). Zgodnie z art. 4 ust. 1 lit. c dyrektywy uznaje za podlegającą opodatkowaniu operację podwyższenia kapitału spółki kapitałowej niezależnie od sposobu tego podwyższenia, a zatem także w wyniku wniesienia wkładu przez osobę fizyczną. Jeżeli zatem nastąpiło podwyższenie kapitału Spółki poprzez wniesienie przedsiębiorstwa osoby fizycznej, to czynność podlega opodatkowaniu podatkiem od gromadzenia kapitału. Decydujące znaczenie należało jednak przyznać stwierdzeniu, że przedsiębiorstwo prowadzone przez osobę fizyczną nie może być uznane za spółkę kapitałową. A z uwagi na to, że obie strony nie są spółkami kapitałowymi, to nie zachodzi zwolnienie określone w art. 7 ust. 1 dyrektywy.
W tej sytuacji sąd uznał, że fiskus prawidłowo odmówił stwierdzenia nadpłaty w PCC pobranego przez płatnika (notariusza) z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego spółki w całości pokrytego wkładem niepieniężnym w postaci przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 551 kodeksu cywilnego, prowadzonego przez osobę fizyczną.
Wyrok NSA z 12 kwietnia 2013 r., II FSK 1643/11