W przedmiotowej sprawie w trakcie postępowania kontrolnego Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej ustalił, że w wyniku zastosowania błędnej stawki spółka zaniżyła VAT, określił więc spółce prawidłowy VAT. W konsekwencji tego spółka wskazała nieprawidłową wysokość przychodu podlegającego CIT. Spółka zadeklarowała blisko 60 tys. zł podatku, podczas gdy z ustaleń organu powinno wynosić ono blisko o połowę mniej. Stąd też inną decyzją Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej określił spółce zobowiązanie podatkowe w tej niższej kwocie.
Dyrektor Izby Skarbowej uchylił jednak decyzję określającą wysokość VAT. Ponieważ decyzja w przedmiocie CIT nie została zaskarżona, Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wznowił z urzędu postępowanie kontrolne w zakresie prawidłowości obliczenia i wpłacenia CIT. Następnie określił spółce wysokość zobowiązania w tymże CIT na kwotę 60 tys. zł.
Jednak zdaniem spółki decyzja w przedmiocie CIT ma charakter samodzielny i nie jest ona determinowana decyzją w zakresie VAT. Zmiana ustaleń faktycznych w zakresie wysokości VAT nie może być rozumiana, jako zmiana podstawy prawnej rozstrzygnięcia w zakresie CIT.
Ostatecznie sprawa trafiła do NSA. Zdaniem sądu zważywszy na art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT, jeżeli zmianie ulega wysokość VAT – a tak też się stało w wyniku uchylenia decyzji określającej wartość tegoż podatku – zmianie ulega przychód. W konsekwencji tego, skoro przychód spółki zwiększył się na skutek zmniejszenia VAT, zmianie ulec musiała także podstawa opodatkowania CIT. Nie ulega zatem wątpliwości, że decyzja w przedmiocie CIT stanowiła następstwo ustaleń, jakim dano wyraz w decyzji w przedmiocie VAT. Decyzją tą określono bowiem spółce wysokość zobowiązania podatkowego w VAT – a co za tym idzie zmianie uległ dochód spółki, stanowiący podstawę opodatkowania. W konsekwencji tego na wysokość przychodu w rozumieniu przepisów ustawy o CIT miało wpływ zarówno wydanie decyzji ustalającej wysokość VAT jak i jej uchylenie. Tym samym argumentacja podatnika, że obie decyzji miały samodzielny charakter, zostały wydane w odrębnych postępowaniach i były względem siebie autonomiczne nie zasługuje na uznanie.
Wyrok NSA z 3 czerwca 2014 r., sygn. akt II FSK 1507/12
Omówienie pochodzi z programu Lex Administracja Skarbowa