W przedmiotowej sprawie podatnik wnosząc do WSA o uchylenie decyzji organu podatkowego zwrócił uwagę, że w chwili powierzenia pełnienia obowiązków zastępcy naczelnika urzędu skarbowego stanowisko zastępcy naczelnika urzędu skarbowego było zajęte. Nie było więc podstawy do wyznaczenia w jego miejsce osoby pełniącej obowiązki.

WSA wskazał jednak, że osoba, która podpisała decyzję dysponowała indywidualnym upoważnieniem do załatwienia sprawy, o którym mowa w art. 143 o.p. Regulacja ta pozwala na udzielenie pracownikowi urzędu prawa do działania w imieniu organu w zakresie określonym w pełnomocnictwie. Pracownik, który otrzymał pełnomocnictwo, nie staje się przez to organem podatkowym, lecz działa "z upoważnienia" organu podatkowego. Zdaniem WSA brak podstawy prawnej dla nadania statusu osoby pełniącej obowiązki nie miało znaczenia dla oceny, czy posiadała ona upoważnienie do załatwienia spraw w imieniu organów podatkowych.

Sprawa trafiła do NSA. Sąd kasacyjny ustalił, że p.o. zastępcy naczelnika urzędu skarbowego nie posiadał jednak indywidualnego upoważnienia do załatwienia sprawy, a decyzja została wydana z rażącym naruszeniem prawa ze względu na jej podpisanie przez osobę nieupoważnioną. Według sądu z akt sprawy wynika, że zastępca naczelnika urzędu skarbowego nie został odwołany ze stanowiska i dalej pełnił swoją funkcję. Pomimo tego kolejna osoba została powołana do pełnienia obowiązków zastępcy naczelnika urzędu skarbowego. W urzędzie skarbowym obsadzone były tym samym stanowiska dwóch zastępców naczelnika, podczas gdy regulamin organizacyjny urzędu przewidywał tylko jedno takie stanowisko. W ocenie NSA, ponieważ p.o. zastępcy naczelnika urzędu skarbowego nie został skutecznie powołany do pełnienia obowiązków, to nie był uprawniony do podpisania decyzji podatkowych.

NSA podkreślił, że, jakkolwiek, ani regulaminy organizacyjne organów podatkowych, ani przepisy prawa powszechnie obowiązującego nie przewidywały możliwości powołania p.o. zastępcy naczelnika urzędu skarbowego, to jednak milczenia tych regulacji nie można traktować jak przyzwolenia na swobodne powierzanie funkcji p.o. zastępcy naczelnika urzędu skarbowego. Skutkowałoby to w istocie obejściem art. 143 o.p. i określonych postanowień regulaminowych.

Zdaniem NSA, WSA powinien był stwierdzić nieważność wydanej decyzji.

Wyrok NSA w Warszawie z 16 kwietnia 2013 r., II FSK 410/11, LEX nr 1306200