Zgodnie z informacją o realizacji ustawy z 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych wg stanu na 31 grudnia 2012 r., przedłożoną przez ministra gospodarki wynika, że w Polsce istnieje 14 specjalnych stref ekonomicznych (sse). Łączny obszar stref nie może przekroczyć 20 tys. ha. Średni stopień zagospodarowania stref wyniósł 60 proc.

Na koniec 2012 r. przedsiębiorcy posiadali 1.545 ważnych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej w strefach. W roku ubiegłym wydano ich 167, czyli o 11,2 proc. mniej niż w 2011 r. Najwięcej zezwoleń wydano w sse: katowickiej, wałbrzyskiej i łódzkiej. Od początku funkcjonowania do końca 2012 r. łączne nakłady inwestycyjne poniesione przez przedsiębiorców wyniosły 85,8 mld zł. Najwyższą dynamikę inwestycji uzyskała sse legnicka. W wartościach bezwzględnych największy wzrost inwestycji (w porównaniu z 2011 r.) nastąpił w strefie wałbrzyskiej (o ponad 1,5 mld zł). Liczba miejsc pracy w omawianym roku zwiększyła się o 6,7 tys., tj. o 2,8 proc. Pod koniec 2012 r. w strefach zatrudnionych było ok. 247,5 tys. pracowników. Największy przyrost miejsc pracy nastąpił w strefie mieleckiej, słupskiej, krakowskiej. Spadek zatrudnienia odnotowano w trzech sse: pomorskiej, suwalskiej i starachowickiej. Największe zatrudnienie miała w strefa katowicka, po niej kolejno: wałbrzyska, tarnobrzeska i łódzka.

Zainwestowany kapitał w 74,3 proc. pochodził z sześciu krajów: Polski, Niemiec, USA, Holandii, Włoch i Japonii. Największy udział w skumulowanej wartości inwestycji miały firmy z branży motoryzacyjnej – 25,6 proc.

Największą koncentrację branżową odnotowano w 3 strefach: legnickiej, warmińsko-mazurskiej i katowickiej. Analiza koncentracji branżowej w sse i pokrewnych sektorach wskazuje, że powstałe skupiska firm stanowią naturalną bazę do tworzenia i rozwijania klastrów, np. Dolina Lotnicza (sse mielecka), Silesia Automative (sse katowicka), klaster ICT (sse pomorska), meblowy (sse warmińsko-mazurska). Wszystkie spółki zarządzające sse w 2012 r. osiągnęły dodatni wynik finansowy.

Zgodnie z obecnie obowiązującymi przepisami, strefy mają funkcjonować do 2020 r. Przypomnijmy, że dochody z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE są wolne od podatku dochodowego. Generalne zasady zwolnienia dochodu wynikającego z prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej wynikają z art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz ust. 4-6 ustawy o CIT oraz z art. 21 ust. 1 pkt 63a oraz ust. 5a-5c ustawy o PIT. Zasady prowadzenia tej działalności wynikają z ustawy z 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych. Zgodnie z tymi regulacjami wolne od podatku dochodowego są dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia. Jeżeli zatem przedsiębiorca prowadzi jeszcze inną działalność gospodarczą niż określona w zezwoleniu bądź prowadzi ją poza terenem strefy, konieczne jest rozgraniczenie dochodów zwolnionych i podlegających opodatkowaniu na zasadach ogólnych. W takim wypadku wymaga się wyodrębnienia organizacyjnego działalności prowadzonej na terenie i poza strefą. Służyć to ma określeniu przychodów i kosztów z tytułu działalności podlegającej zwolnieniu i opodatkowanej.

W razie cofnięcia zezwolenia podatnik traci prawo do zwolnienia i jest obowiązany do zapłaty podatku za cały okres korzystania ze zwolnienia podatkowego. W razie wystąpienia tych okoliczności podatnik jest obowiązany do zwiększenia podstawy opodatkowania o kwotę dochodu, w odniesieniu do którego utracił prawo do zwolnienia, a w razie poniesienia straty do jej zmniejszenia o tę kwotę - w rozliczeniu zaliczki za miesiąc, w którym utracił to prawo, a gdy utrata prawa nastąpi w ostatnim miesiącu roku podatkowego - w zeznaniu rocznym. A zezwolenie może być cofnięte, jeżeli przedsiębiorca:
- zaprzestał na terenie SSE prowadzenia działalności gospodarczej, na którą posiadał zezwolenie, lub
- rażąco uchybił warunkom określonym w zezwoleniu, lub
- nie usunął uchybień stwierdzonych w toku kontroli w terminie do ich usunięcia wyznaczonym w wezwaniu ministra właściwego do spraw gospodarki.